+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gj4 | ||||||
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Title | Tubulin-6j complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / Balaguer, F.d.A. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. ...Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / Balaguer, F.d.A. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Agell, D.L. / Barasoain, I. / Diaz, J.F. / Nebbioso, A. / Conte, M.R. / Lopresti, L. / Magnano, S. / Amet, R. / Kinsella, P. / Zisterer, D.M. / Ibrahim, O. / O'Sullivan, J. / Morbidelli, L. / Spaccapelo, R. / Baldari, C. / Butini, S. / Novellino, E. / Campiani, G. / Altucci, L. / Steinmetz, M.O. / Brogi, S. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Eur J Med Chem / Year: 2018 Title: Structure-activity relationships, biological evaluation and structural studies of novel pyrrolonaphthoxazepines as antitumor agents. Authors: Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / de Asis Balaguer, F. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Lucena-Agell, D. / Barasoain, I. / ...Authors: Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / de Asis Balaguer, F. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Lucena-Agell, D. / Barasoain, I. / Diaz, J.F. / Nebbioso, A. / Conte, M. / Lopresti, L. / Magnano, S. / Amet, R. / Kinsella, P. / Zisterer, D.M. / Ibrahim, O. / O'Sullivan, J. / Morbidelli, L. / Spaccapelo, R. / Baldari, C. / Butini, S. / Novellino, E. / Campiani, G. / Altucci, L. / Steinmetz, M.O. / Brogi, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gj4.cif.gz | 907.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gj4.ent.gz | 742.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gj4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gj4_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gj4_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 6gj4_validation.xml.gz | 82.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6gj4_validation.cif.gz | 108.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gj4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4i4tS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 8 types, 220 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-ACP / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 10% PEG 4K, 12.5% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M MES / 0.1M IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00001 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.022 Å / Num. obs: 117973 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.499 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8642 / CC1/2: 0.346 / Rpim(I) all: 1.105 / Rrim(I) all: 2.706 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4i4t Resolution: 2.4→48.022 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.022 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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