[日本語] English
万見
- PDB-6fi8: Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left e... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fi8
タイトルCrystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 29-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the intact target site: pre-cleavage target capture complex
要素
  • DNA 29-MER (LE29)
  • DNA 6-MER (T6')
  • Putative transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / HUH MOTIF / DNA STEM LOOP / Transposition / TnpA transposase / target capture complex / ISHp608
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS200 like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Morero, N.R. / Barabas, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Targeting IS608 transposon integration to highly specific sequences by structure-based transposon engineering.
著者: Morero, N.R. / Zuliani, C. / Kumar, B. / Bebel, A. / Okamoto, S. / Guynet, C. / Hickman, A.B. / Chandler, M. / Dyda, F. / Barabas, O.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative transposase
B: Putative transposase
C: DNA 29-MER (LE29)
D: DNA 29-MER (LE29)
E: DNA 6-MER (T6')
F: DNA 6-MER (T6')
G: Putative transposase
H: Putative transposase
I: DNA 29-MER (LE29)
J: DNA 29-MER (LE29)
K: DNA 6-MER (T6')
L: DNA 6-MER (T6')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,01928
ポリマ－116,37812
非ポリマー64116
水6,702372
1
A: Putative transposase
B: Putative transposase
C: DNA 29-MER (LE29)
D: DNA 29-MER (LE29)
E: DNA 6-MER (T6')
F: DNA 6-MER (T6')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,46913
ポリマ－58,1896
非ポリマー2817
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Putative transposase
H: Putative transposase
I: DNA 29-MER (LE29)
J: DNA 29-MER (LE29)
K: DNA 6-MER (T6')
L: DNA 6-MER (T6')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,55015
ポリマ－58,1896
非ポリマー3619
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.640, 138.640, 117.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
Putative transposase / Transposase / Transposase OrfA


分子量: 18392.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: BB387_02765, BB390_06935, BB392_05440, BB394_07800, BB413_07925, BB437_07715, BB438_04880, BB447_07970, BB453_04885, BB461_01775, BB469_00740, BFR58_04045, BFR58_04080, BFR58_04135, BFR58_ ...遺伝子: BB387_02765, BB390_06935, BB392_05440, BB394_07800, BB413_07925, BB437_07715, BB438_04880, BB447_07970, BB453_04885, BB461_01775, BB469_00740, BFR58_04045, BFR58_04080, BFR58_04135, BFR58_07690, BFR58_08055, BGL67_05025, BGL76_01750, BGL76_01790, BGL76_01830, BGL76_03945, BGL76_04370, BGL76_05875, BGL76_06710, BGL85_00790
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q933Z0
#2: DNA鎖
DNA 29-MER (LE29)


分子量: 8933.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
#3: DNA鎖
DNA 6-MER (T6')


分子量: 1768.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14.6% PEG 3350, 0.19 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→89.84 Å / Num. obs: 35947 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.09723 / Rrim(I) all: 0.3091 / Net I/σ(I): 6.03
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3525 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.4295 / % possible all: 99.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VJV

2vjv


解像度: 2.598→89.837 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1795 5 %
Rwork0.1969 --
obs0.199 35890 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→89.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4145 2840 16 372 7373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56210657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6883974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5984-2.66860.34411280.30352570X-RAY DIFFRACTION100
2.6686-2.74720.35981180.29432588X-RAY DIFFRACTION100
2.7472-2.83580.32231430.28172585X-RAY DIFFRACTION100
2.8358-2.93720.29541280.26162597X-RAY DIFFRACTION100
2.9372-3.05480.29351360.2352577X-RAY DIFFRACTION100
3.0548-3.19380.25421390.2212614X-RAY DIFFRACTION100
3.1938-3.36220.22491490.19772580X-RAY DIFFRACTION100
3.3622-3.57290.23371450.18832614X-RAY DIFFRACTION100
3.5729-3.84880.18911530.17572588X-RAY DIFFRACTION100
3.8488-4.23610.19821350.15672651X-RAY DIFFRACTION100
4.2361-4.8490.17751260.14352644X-RAY DIFFRACTION100
4.849-6.1090.2471570.16462678X-RAY DIFFRACTION100
6.109-89.89050.24151380.20272809X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9126-0.7979-0.57461.0354-0.23921.3219-0.0395-0.1797-0.07960.0845-0.02380.06910.10380.01340.0110.2026-0.0043-0.01130.2055-0.00560.178-23.9238-1.621812.6274
22.283-0.3719-0.16560.34410.12410.82950.0178-0.002-0.1705-0.0216-0.02860.06520.0427-0.15180.02380.2066-0.0522-0.00180.2588-0.00180.2568-47.89691.155211.2799
31.7627-0.5480.03932.9211-0.83843.0380.1110.13750.2394-0.0794-0.0425-0.1161-0.3977-0.0583-0.11060.20640.04360.04540.22460.00010.2597-21.221411.3617-0.6312
41.47890.5239-0.041.9247-0.1093.4839-0.0406-0.29350.23780.19330.12270.1187-0.501-0.0593-0.08450.2420.02320.01720.3843-0.00570.3231-47.880813.125626.0488
51.8869-0.61692.5665.73020.85424.06550.05810.12870.1294-0.33330.00790.87870.2203-0.3243-0.23410.2120.06130.04980.2846-0.07790.3107-16.8298-4.5819-3.9884
65.50731.59692.27414.0051-1.99744.1820.06-0.5391-0.2370.4160.47160.14470.1138-0.6164-0.61730.2488-0.02430.02730.45430.09080.2556-56.0546-2.814227.0481
71.6123-0.29940.17181.89710.00971.8255-0.07180.00920.08470.0064-0.00490.0463-0.0104-0.05460.09450.2020.0015-0.01980.1950.02430.1949-71.379545.2029-17.6865
80.6654-0.2466-0.32552.53630.36120.8647-0.0642-0.0642-0.08110.15410.04010.0030.2161-0.03130.010.2963-0.021-0.01970.19580.00640.2249-67.935420.4014-16.7574
91.8658-0.62510.95420.83340.94963.71520.00020.14020.1288-0.02720.0514-0.22380.0460.4373-0.04540.28980.0122-0.01020.22120.01440.3182-57.580247.7131-5.3008
101.69610.6155-0.03452.47420.89463.86420.08370.1799-0.0647-0.13810.0933-0.2333-0.03970.4751-0.22630.3060.00110.01940.2413-0.01290.2953-57.265121.413-32.3596
113.6326-3.70941.22977.59860.24972.4796-0.53520.167-0.16880.32410.8689-0.4433-0.519-0.4951-0.20420.4154-0.05190.11990.3782-0.03340.2513-74.429352.5341-0.6573
125.5357-2.07322.05797.60752.06033.88740.1597-0.056-0.3453-0.16750.03230.33460.6789-0.1258-0.08030.3877-0.0073-0.07520.2280.03920.2138-72.435112.5522-32.1073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 132)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 6 through 133)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 16 through 44)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 16 through 44)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid -5 through 0)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid -5 through 0)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 6 through 133)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 6 through 130)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 16 through 44)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' and resid 16 through 44)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' and resid -5 through 0)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'L' and resid -5 through 0)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る