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- PDB-7cj8: Crystal structure of N-terminal His-tagged D-allulose 3-epimerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cj8
タイトルCrystal structure of N-terminal His-tagged D-allulose 3-epimerase from Methylomonas sp. in complex with D-allulose
要素Epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


D-tagatose 3-epimerase / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-psicose / L-ribulose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Kamitori, S.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a novel homodimeric l-ribulose 3-epimerase from Methylomonus sp.
著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Kato, S. / Mochizuki, S. / Akimitsu, K. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epimerase
B: Epimerase
C: Epimerase
D: Epimerase
E: Epimerase
F: Epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,39724
ポリマ－201,5566
非ポリマー2,84018
水16,916939
1
A: Epimerase
B: Epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1328
ポリマ－67,1852
非ポリマー9476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Epimerase
D: Epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1328
ポリマ－67,1852
非ポリマー9476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Epimerase
F: Epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1328
ポリマ－67,1852
非ポリマー9476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.020, 81.050, 106.130
Angle α, β, γ (deg.)99.300, 101.500, 87.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA0 - 28621 - 307
21TYRTYRBB0 - 28621 - 307
12TYRTYRAA0 - 28621 - 307
22TYRTYRCC0 - 28621 - 307
13ARGARGAA0 - 28521 - 306
23ARGARGDD0 - 28521 - 306
14TYRTYRAA0 - 28621 - 307
24TYRTYREE0 - 28621 - 307
15TYRTYRAA0 - 28621 - 307
25TYRTYRFF0 - 28621 - 307
16TYRTYRBB0 - 28621 - 307
26TYRTYRCC0 - 28621 - 307
17ARGARGBB0 - 28521 - 306
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28TYRTYREE0 - 28621 - 307
19TYRTYRBB0 - 28621 - 307
29TYRTYRFF0 - 28621 - 307
110ARGARGCC0 - 28521 - 306
210ARGARGDD0 - 28521 - 306
111TYRTYRCC0 - 28621 - 307
211TYRTYREE0 - 28621 - 307
112TYRTYRCC0 - 28621 - 307
212TYRTYRFF0 - 28621 - 307
113ARGARGDD0 - 28521 - 306
213ARGARGEE0 - 28521 - 306
114ARGARGDD0 - 28521 - 306
214ARGARGFF0 - 28521 - 306
115TYRTYREE0 - 28621 - 307
215TYRTYRFF0 - 28621 - 307

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.261342, -0.365362, 0.893427), (-0.340637, -0.900952, -0.268797), (0.903143, -0.234087, -0.359912)-17.77936, -23.882111, 15.16771
3given(1), (1), (1)
4given(0.233985, -0.34007, 0.910826), (-0.299671, -0.916446, -0.265185), (0.924905, -0.210898, -0.316344)-35.696739, -2.0106, 51.472172
5given(1), (1), (1)
6given(0.997415, 0.018469, 0.069438), (-0.018651, 0.999824, 0.001972), (-0.06939, -0.003262, 0.997584)19.68001, -21.923809, -35.803711
7given(1), (1), (1)
8given(0.101858, -0.293627, 0.950478), (-0.282334, -0.924692, -0.255405), (0.953893, -0.242337, -0.177088)10.50961, -60.805271, 28.301149
9given(1), (1), (1)
10given(0.986848, 0.059089, 0.150463), (-0.051373, 0.997182, -0.054665), (-0.153269, 0.046216, 0.987103)32.287369, 18.82519, 30.32482
11given(1), (1), (1)
12given(0.998548, 0.032881, 0.042676), (-0.03206, 0.99929, -0.019777), (-0.043296, 0.01838, 0.998893)20.654831, -21.66094, -34.95385
13given(1), (1), (1)
14given(0.204354, -0.338639, 0.918457), (-0.331318, -0.906809, -0.260627), (0.921123, -0.251042, -0.297507)-36.91333, -3.51926, 51.284458
15given(1), (1), (1)
16given(0.984297, 0.019347, 0.175459), (-0.006106, 0.997112, -0.075693), (-0.176417, 0.073433, 0.981573)31.8302, 19.857771, 30.47212
17given(1), (1), (1)
18given(0.136885, -0.282368, 0.94949), (-0.278513, -0.930818, -0.236662), (0.950628, -0.232049, -0.206058)12.22792, -60.316429, 27.79504
19given(1), (1), (1)
20given(0.174716, -0.29826, 0.938358), (-0.30746, -0.921888, -0.235778), (0.935384, -0.247314, -0.252771)-61.8009, 17.82242, 83.325684
21given(1), (1), (1)
22given(0.990705, -0.015729, 0.135114), (0.022919, 0.998393, -0.051822), (-0.134081, 0.054437, 0.989474)6.99973, 43.054852, 65.009064
23given(1), (1), (1)
24given(0.104592, -0.242201, 0.964572), (-0.256175, -0.943724, -0.209188), (0.960955, -0.22522, -0.160752)-9.89317, -37.75219, 63.085548
25given(1), (1), (1)
26given(0.040691, -0.258826, 0.965067), (-0.283505, -0.929161, -0.237242), (0.958107, -0.263947, -0.111187)-12.86948, -39.252899, 63.237572
27given(1), (1), (1)
28given(0.995898, 0.037131, 0.082514), (-0.032649, 0.997951, -0.055024), (-0.084388, 0.052105, 0.99507)7.22363, 40.7607, 66.925041
29given(1), (1), (1)
30given(-0.03123, -0.231328, 0.972374), (-0.205243, -0.950633, -0.232748), (0.978213, -0.206842, -0.01779)-18.331989, -80.518547, 0.00063

-
要素

#1: タンパク質
Epimerase


分子量: 33592.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylomonas sp. DH-1 (バクテリア)
遺伝子: AYM39_05640 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A172U6X0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 糖
ChemComp-PSJ / D-psicose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ethylene glycol, HEPES, PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.84 Å / Num. obs: 100753 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.492 % / Biso Wilson estimate: 30.924 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 11.53 / Num. measured all: 351828 / Scaling rejects: 87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.13.570.4962.7826210757873410.8350.58496.9
2.1-2.163.5170.3953.3525416746672260.8910.46896.8
2.16-2.223.3820.323.9623912728670710.9180.38297
2.22-2.293.4150.2874.423173697767860.9380.34297.3
2.29-2.373.5010.2595.0123144681266110.9480.30797
2.37-2.453.6120.2275.7723251661064380.9680.26697.4
2.45-2.543.5520.1956.522176638962430.9740.2397.7
2.54-2.653.4710.1617.4920644607259470.9810.19197.9
2.65-2.763.3330.138.6719137587457420.9860.15697.8
2.76-2.93.4490.1110.4918966562054990.990.13197.8
2.9-3.063.6060.08812.9318811531652170.9950.10398.1
3.06-3.243.5710.06915.8217753507049710.9960.08198
3.24-3.473.4390.0519.4715957472446400.9980.0698.2
3.47-3.743.3620.03923.4214633443643530.9980.04798.1
3.74-4.13.6450.03527.0814536406039880.9990.04198.2
4.1-4.583.5830.03129.1612827364935800.9990.03798.1
4.58-5.293.3040.03426.8710499324631780.9990.0497.9
5.29-6.483.5020.03924.19446273526970.9990.04698.6
6.48-9.173.540.0328.357387210920870.9990.03599
9.17-48.843.4710.02931.873950116411380.9990.03497.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZFS

5zfs


解像度: 2.05→48.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.635 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 5031 5 %RANDOM
Rwork0.1618 ---
obs0.1658 95721 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.26 Å2 / Biso mean: 26.886 Å2 / Biso min: 14.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20.43 Å2-0.23 Å2
2--0.61 Å20.38 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13288 0 168 939 14395
Biso mean--38.86 35.29 -
残基数----1723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01313727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01712552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.64318615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1911.59429000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37451717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.44222.146727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.388152161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5571590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.21765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022991
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.847326279
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2201TIGHT POSITIONAL0.260.11
1A2213TIGHT POSITIONAL0.360.11
1A2213TIGHT POSITIONAL0.410.11
1A2201TIGHT POSITIONAL0.370.11
1A2201TIGHT POSITIONAL0.390.11
1A2213TIGHT POSITIONAL0.310.11
1A2213TIGHT THERMAL7.971.12
2A2213TIGHT THERMAL7.81.12
3A2201TIGHT THERMAL5.471.12
4A2213TIGHT THERMAL8.351.12
5A2213TIGHT THERMAL5.111.12
6B2213TIGHT THERMAL5.81.12
7B2201TIGHT THERMAL8.191.12
8B2213TIGHT THERMAL5.71.12
9B2213TIGHT THERMAL8.91.12
10C2201TIGHT THERMAL7.061.12
11C2213TIGHT THERMAL6.131.12
12C2213TIGHT THERMAL8.841.12
13D2201TIGHT THERMAL8.821.12
14D2201TIGHT THERMAL5.561.12
15E2213TIGHT THERMAL9.591.12
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 398 -
Rwork0.196 6926 -
all-7324 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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