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- PDB-5zfs: Crystal structure of Arthrobacter globiformis M30 sugar epimerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zfs
タイトルCrystal structure of Arthrobacter globiformis M30 sugar epimerase which can produce D-allulose from D-fructose
要素D-allulose-3-epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / manganese ion binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Ketose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Gullapalli, P.K. / Ohtani, K. / Akimitsu, K. / Izumori, K. / Kamitori, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K07271 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: X-ray structure of Arthrobacter globiformis M30 ketose 3-epimerase for the production of D-allulose from D-fructose.
著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Gullapalli, P.K. / Ohtani, K. / Akimitsu, K. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-allulose-3-epimerase
B: D-allulose-3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4309
ポリマ－65,0252
非ポリマー4057
水6,792377
1
A: D-allulose-3-epimerase
B: D-allulose-3-epimerase
ヘテロ分子

A: D-allulose-3-epimerase
B: D-allulose-3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,86018
ポリマ－130,0504
非ポリマー81014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area14450 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area36810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.980, 103.980, 256.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 D-allulose-3-epimerase


分子量: 32512.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: DAE / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: A0A1L7NQ96
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: AMMONIUM ACETATE, SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45.02 Å / Num. obs: 59179 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 22.556 % / Biso Wilson estimate: 28.637 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 31.46 / Num. measured all: 1334865 / Scaling rejects: 551
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.96-2.014.6520.334.5939460.9080.36991.5
2.01-2.079.7420.2887.6140900.9730.30496.8
2.07-2.1313.5160.23711.1540500.9850.24698.5
2.13-2.1917.7780.20515.1139790.9920.21299.8
2.19-2.2622.520.18817.9738910.9950.192100
2.26-2.3426.890.16522.2937410.9970.168100
2.34-2.4328.1180.1524.9736470.9970.15399.9
2.43-2.5328.7090.13827.7735080.9980.1499.9
2.53-2.6428.1990.11931.7233670.9980.12199.9
2.64-2.7726.5810.10634.6932280.9980.10899.9
2.77-2.9227.1620.09638.5930660.9980.098100
2.92-3.129.1950.08345.2729320.9990.084100
3.1-3.3128.490.07549.7627570.9990.07699.9
3.31-3.5827.4090.06854.1125880.9990.069100
3.58-3.9224.6470.06256.2824000.9990.063100
3.92-4.3824.3220.05858.8421780.9990.06100
4.38-5.0626.7140.05463.1419530.9990.055100
5.06-6.226.290.05560.0116800.9990.056100
6.2-8.7723.6960.04758.75135210.049100
8.77-45.0224.3310.03962.418260.9980.0498.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYL

3vyl


解像度: 1.96→45.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.859 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 2980 5 %RANDOM
Rwork0.1856 ---
obs0.1869 56104 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.83 Å2 / Biso mean: 23.161 Å2 / Biso min: 7.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4486 0 22 379 4887
Biso mean--30.23 31.72 -
残基数----585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0194598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7181.956230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.52539879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44723.879214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66115736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9731530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021070
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 213 -
Rwork0.204 3729 -
all-3942 -
obs--91.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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