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- PDB-7cj4: Crystal structure of homo dimeric D-allulose 3-epimerase from Met... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cj4 | ||||||
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Title | Crystal structure of homo dimeric D-allulose 3-epimerase from Methylomonas sp. | ||||||
![]() | Epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Epimerase / TIM barrel | ||||||
Function / homology | D-tagatose 3-epimerase / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / isomerase activity / metal ion binding / : / L-ribulose 3-epimerase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Kamitori, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a novel homodimeric l-ribulose 3-epimerase from Methylomonus sp. Authors: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Kato, S. / Mochizuki, S. / Akimitsu, K. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 194.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cj5C ![]() 7cj6C ![]() 7cj7C ![]() 7cj8C ![]() 7cj9C ![]() 5zfsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 287 / Label seq-ID: 2 - 287
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 32307.270 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: magnesium chloride, Tris, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.08→43.45 Å / Num. obs: 31851 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.419 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.917 / Net I/σ(I): 13.47 / Num. measured all: 204455 / Scaling rejects: 260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ZFS Resolution: 2.08→43.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 15.744 / SU ML: 0.184 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.226 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.15 Å2 / Biso mean: 26.083 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.08→43.45 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Number: 2195 / Type: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 5.13 Å / Weight position: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.08→2.134 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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