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- PDB-6fh2: Protein arginine kinase McsB in the AMP-PN-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fh2
タイトルProtein arginine kinase McsB in the AMP-PN-bound state
要素Protein-arginine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein kinase / protein arginine kinase / protein arginine phosphorylation / phospho-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein arginine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / protein kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein arginine kinase / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain ...Protein arginine kinase / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMP PHOSPHORAMIDATE / Protein-arginine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Suskiewicz, M.J. / Heuck, A. / Vu, L.D. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of McsB, a protein kinase for regulated arginine phosphorylation.
著者: Suskiewicz, M.J. / Hajdusits, B. / Beveridge, R. / Heuck, A. / Vu, L.D. / Kurzbauer, R. / Hauer, K. / Thoeny, V. / Rumpel, K. / Mechtler, K. / Meinhart, A. / Clausen, T.
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine kinase
B: Protein-arginine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3099
ポリマ－82,5102
非ポリマー7997
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Native MS confirms the dimer., light scattering, SEC-MALS confirms the dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.340, 80.620, 97.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine kinase / Protein arginine kinase McsB


分子量: 41255.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: mcsB / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DMM5, protein arginine kinase
#2: 化合物 ChemComp-AN2 / AMP PHOSPHORAMIDATE / アミドりん酸5′-アデニリル


分子量: 426.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 25% v/v ethylene glycol, 75 mM MES-imidazole, 58 mM sodium formate, 58 mM ammonium acetate, 58 mM sodium citrate, 58 mM sodium potassium tartrate, 58 mM sodium oxamate. Soaked with 10 mM ...詳細: 25% v/v ethylene glycol, 75 mM MES-imidazole, 58 mM sodium formate, 58 mM ammonium acetate, 58 mM sodium citrate, 58 mM sodium potassium tartrate, 58 mM sodium oxamate. Soaked with 10 mM magnesium AMPPNP, which apparently hydrolysed during the procedure to ADP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48 Å / Num. obs: 21210 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 62.63 Å2 / Net I/σ(I): 15.99
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M15

1m15


解像度: 2.7→47.999 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1998 9.42 %
Rwork0.2318 --
obs0.2348 21213 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5174 0 51 33 5258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9177146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0952009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6998-2.76730.36311430.32311369X-RAY DIFFRACTION99
2.7673-2.84220.3441390.32321339X-RAY DIFFRACTION100
2.8422-2.92580.33591410.3221375X-RAY DIFFRACTION100
2.9258-3.02020.34511420.30341354X-RAY DIFFRACTION100
3.0202-3.12810.34381420.29431364X-RAY DIFFRACTION99
3.1281-3.25330.34031420.28621365X-RAY DIFFRACTION100
3.2533-3.40140.3041420.26781372X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.58060.29851420.24711357X-RAY DIFFRACTION100
3.5806-3.80490.27251450.24211385X-RAY DIFFRACTION100
3.8049-4.09850.23291410.22091361X-RAY DIFFRACTION100
4.0985-4.51070.21711440.19781382X-RAY DIFFRACTION100
4.5107-5.16280.25071430.19541376X-RAY DIFFRACTION100
5.1628-6.5020.25271440.23941392X-RAY DIFFRACTION100
6.502-48.00690.21541480.18741424X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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