[日本語] English
万見
- PDB-6njq: Structure of TBP-Hoogsteen containing DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6njq
タイトルStructure of TBP-Hoogsteen containing DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
  • TATA-box-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TBP / Hoogsteen / protein-DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Stelling, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Infrared Spectroscopic Observation of a G-C+Hoogsteen Base Pair in the DNA:TATA-Box Binding Protein Complex Under Solution Conditions.
著者: Stelling, A.L. / Liu, A.Y. / Zeng, W. / Salinas, R. / Schumacher, M.A. / Al-Hashimi, H.M.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: TATA-box-binding protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
A: TATA-box-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2656
ポリマ－66,2656
非ポリマー00
水61334
1
B: TATA-box-binding protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－33,1323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
2
A: TATA-box-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1323
ポリマ－33,1323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.299, 57.967, 149.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 TATA-box-binding protein 1 / AtTBP1 / TATA sequence-binding protein 1 / TBP-1 / TATA-binding factor 1 / TATA-box factor 1 / ...AtTBP1 / TATA sequence-binding protein 1 / TBP-1 / TATA-binding factor 1 / TATA-box factor 1 / Transcription initiation factor TFIID TBP-1 subunit


分子量: 24571.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TBP1, At3g13445, MRP15.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28147
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4313.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4246.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40 mM MES, 100 mM KCl, 4 mM MgCl2, 14% glycerol, 300 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→148.79 Å / Num. obs: 18008 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 50.56 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 2622 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.244 / Rsym value: 0.545

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QN3

1qn3


解像度: 2.75→148.789 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1810 10.05 %
Rwork0.23 --
obs0.2348 18008 97.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 238.32 Å2 / Biso mean: 52.0422 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→148.789 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 1136 0 34 4112
Biso mean---37.81 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7155999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.82397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7501-2.82440.36351320.29891230136299
2.8244-2.90750.33831420.28461256139898
2.9075-3.00140.32081430.28461250139399
3.0014-3.10870.36581410.27741254139598
3.1087-3.23310.29281450.25241251139697
3.2331-3.38030.31791380.23641271140999
3.3803-3.55850.29151450.23851233137898
3.5585-3.78150.4041140.35121106122085
3.7815-4.07350.2981360.22961234137097
4.0735-4.48340.24591430.18341270141398
4.4834-5.13220.21871400.17451264140497
5.1322-6.46610.20511420.18941272141498
6.4661-149.00750.21861490.1891307145697
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.0175 Å / Origin y: -3.1037 Å / Origin z: 37.2296 Å
111213212223313233
T0.0421 Å2-0.0026 Å2-0.0033 Å2-0.0788 Å20.0028 Å2--0.1084 Å2
L-0.12 °20.0619 °2-0.1042 °2-0.1811 °2-0.2952 °2--2.0094 °2
S0.0501 Å °0.0248 Å °0.0034 Å °0.0085 Å °0.0153 Å °-0.0259 Å °-0.0229 Å °0.0635 Å °0.0647 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 198
2X-RAY DIFFRACTION1allE201 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1allF215 - 228
4X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allC201 - 214
6X-RAY DIFFRACTION1allD215 - 228
7X-RAY DIFFRACTION1allT1 - 34

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る