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- PDB-6uep: Structure of A. thaliana TBP bound to a DNA site with a C-C mismatch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uep
タイトルStructure of A. thaliana TBP bound to a DNA site with a C-C mismatch
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
  • TATA-box-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TBP / TATA / C-C mismatch / NER / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Al-hashimi, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: DNA mismatches reveal conformational penalties in protein-DNA recognition.
著者: Afek, A. / Shi, H. / Rangadurai, A. / Sahay, H. / Senitzki, A. / Xhani, S. / Fang, M. / Salinas, R. / Mielko, Z. / Pufall, M.A. / Poon, G.M.K. / Haran, T.E. / Schumacher, M.A. / Al-Hashimi, H.M. / Gordan, R.
履歴
登録2019年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TATA-box-binding protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
A: TATA-box-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,39311
ポリマ－66,0706
非ポリマー3225
水5,098283
1
B: TATA-box-binding protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1736
ポリマ－33,0353
非ポリマー1383
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
2
A: TATA-box-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2195
ポリマ－33,0353
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.648, 46.654, 146.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 TATA-box-binding protein 1 / AtTBP1 / TATA sequence-binding protein 1 / TBP-1 / TATA-binding factor 1 / TATA-box factor 1 / ...AtTBP1 / TATA sequence-binding protein 1 / TBP-1 / TATA-binding factor 1 / TATA-box factor 1 / Transcription initiation factor TFIID TBP-1 subunit


分子量: 24514.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TBP1, At3g13445, MRP15.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28147

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ECFD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4313.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4206.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 288分子

#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 and 3.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→145.626 Å / Num. obs: 83131 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.025 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1725 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.267 / Rsym value: 0.353

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→145.626 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 3705 4.46 %
Rwork0.1715 79426 -
obs0.1724 83131 88.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.63 Å2 / Biso mean: 46.8402 Å2 / Biso min: 20.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→145.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 1130 21 283 4416
Biso mean--70.88 50.02 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.046052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0642431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.0770.2795790.2569172552
2.077-2.10540.26960.2577204958
2.1054-2.13550.25821050.2413216163
2.1355-2.16740.25091020.2395231768
2.1674-2.20130.25641270.2312265175
2.2013-2.23740.22381280.2279275381
2.2374-2.27590.24281450.2287314790
2.2759-2.31730.26521570.2217334897
2.3173-2.36190.21731550.2105341898
2.3619-2.41010.20691490.2081329298
2.4101-2.46250.24391640.2093340197
2.4625-2.51980.25041540.2122330897
2.5198-2.58280.24651540.2115333296
2.5828-2.65270.22971520.2082327094
2.6527-2.73070.22861500.2062330696
2.7307-2.81890.22171510.2115333897
2.8189-2.91970.24381620.2027340997
2.9197-3.03660.21831520.1974324196
3.0366-3.17480.20831560.1902318894
3.1748-3.34220.19691550.1766334294
3.3422-3.55160.18221540.159325196
3.5516-3.82580.16831520.143332595
3.8258-4.21090.20031440.14322794
4.2109-4.82020.11491560.1141322994
4.8202-6.0730.13741580.1389323193
6.073-145.6260.17951480.1619316792
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.0979 Å / Origin y: 9.986 Å / Origin z: 41.1274 Å
111213212223313233
T0.2422 Å2-0.0169 Å20.0071 Å2-0.2036 Å2-0.0164 Å2--0.2303 Å2
L0.5224 °2-0.1734 °2-0.0123 °2-0.1804 °20.0544 °2--1.4776 °2
S0.0358 Å °0.0248 Å °-0.0042 Å °-0.0937 Å °-0.0504 Å °-0.0827 Å °-0.0714 Å °-0.2358 Å °-0.0078 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 200
2X-RAY DIFFRACTION1allE201 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1allF215 - 228
4X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allC201 - 214
6X-RAY DIFFRACTION1allD215 - 228
7X-RAY DIFFRACTION1allW131 - 531
8X-RAY DIFFRACTION1allH20
9X-RAY DIFFRACTION1allY20
10X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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