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- PDB-5dwn: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwn
タイトルCrystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis in complex with AcetylCoA 要素Phosphinothricin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / Phosphinothricin N-acetyltransferase / AcetylCoA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Phosphinothricin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis in complex with AcetylCoA
著者: Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,66010
ポリマ-82,3624
非ポリマー3,2986
10,647591
1
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8365
ポリマ-41,1812
非ポリマー1,6553
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8245
ポリマ-41,1812
非ポリマー1,6433
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.100, 77.380, 135.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Phosphinothricin N-acetyltransferase


分子量: 20590.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア)
: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: pat, BOV_0087 / プラスミド: BrovA.17352.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0H3AQB6, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytics screen MCSG1, b9: 200mM MgCl2, 20% PEG 3350; BrovA.17352.a.B1.PS02313 at 4mg/ml, supplemented with 5mM NAD; cryo: 20% EG with 5mM AcCoA; tray 262506 b9; puck jbj3-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 55358 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 22.42 / Num. measured all: 409137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-27.40.9130.4654.4630122404540440.499100
2-2.060.9420.3775.4829392393639360.405100
2.06-2.120.9650.2936.9728607383038300.315100
2.12-2.180.9770.2378.5127840372337200.25499.9
2.18-2.250.9820.2029.8526987361336120.217100
2.25-2.330.9850.18510.6726061349634930.19999.9
2.33-2.420.990.14513.6325391339333930.156100
2.42-2.520.9930.12715.0924394326932690.137100
2.52-2.630.9950.10717.7723356313131290.11599.9
2.63-2.760.9960.08621.4922422300130010.093100
2.76-2.910.9970.07524.2521221285028490.081100
2.91-3.080.9980.05929.9920223272527240.064100
3.08-3.30.9980.04737.5518717253725350.0599.9
3.3-3.560.9990.03943.2817615240224000.04299.9
3.56-3.90.9990.03548.0416085220722060.038100
3.9-4.360.9990.0354.1814459200019990.03299.9
4.36-5.030.9990.02756.8812820179117910.029100
5.03-6.170.9990.02952.9610809152315230.032100
6.17-8.7210.02654.878348120912080.02899.9
8.720.9990.02460.1642687116960.02697.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å48.85 Å
Translation2 Å48.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure

解像度: 1.95→48.852 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1968 1994 3.6 %Random selection
Rwork0.1564 53354 --
obs0.1578 55348 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.61 Å2 / Biso mean: 29.481 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 206 596 6262
Biso mean--36.92 35.42 -
残基数----718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8068099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053877
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051099
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5813568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.95-1.99880.27461290.195337703899
1.9988-2.05280.23781670.179237263893
2.0528-2.11320.21881170.168337883905
2.1132-2.18140.21371390.161737573896
2.1814-2.25940.2171520.161937653917
2.2594-2.34990.2091390.159737723911
2.3499-2.45680.20431360.154937973933
2.4568-2.58630.21441470.167137713918
2.5863-2.74830.21251430.161138113954
2.7483-2.96050.2291370.174138133950
2.9605-3.25840.18141430.161938183961
3.2584-3.72970.18791490.149738483997
3.7297-4.69850.14731420.127738794021
4.6985-48.86740.19221540.154940394193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4515-0.83850.88493.8239-0.83213.555-0.0191-0.0712-0.20390.0554-0.0314-0.08090.32080.09840.07350.14280.01570.00150.1226-0.00640.1094-6.2123-64.6195-7.8808
22.7367-0.88490.20962.46380.4223.4788-0.03550.23510.2042-0.2192-0.0957-0.1846-0.10790.27630.10240.1081-0.01130.00220.18550.03920.1619-5.7772-52.9236-12.5185
31.6988-0.4541-0.27282.86120.15881.8894-0.0283-0.13050.02360.16720.0522-0.08260.1390.0877-0.03760.09790.0046-0.0090.1553-0.00090.0787-10.6158-55.12510.6477
42.4236-0.932-0.00883.4407-2.04285.2460.12270.0855-0.377-0.15560.21510.45910.5368-0.6126-0.06870.1461-0.03010.01740.18880.00440.2084-24.3141-58.0754-3.4482
51.0195-0.5806-0.75841.9393-0.08742.10650.0792-0.13040.05840.10920.09140.1146-0.1615-0.09840.0590.0925-0.00930.02520.172-0.0180.1538-20.1936-47.4675-1.0559
62.63350.5431-1.2293.196-1.03244.3242-0.11040.07370.28640.03650.0185-0.2536-0.60210.13240.0560.2289-0.0386-0.05880.1574-0.00310.1622-9.466225.5335-39.3146
72.24541.6487-2.57963.0348-1.13783.2609-0.0696-0.39710.22910.07270.0122-0.0865-0.0437-0.11230.12240.18630.0359-0.050.199-0.02630.1496-14.613715.4191-29.0616
84.93373.08533.30954.09844.87765.84690.15940.0308-0.03440.01110.2033-0.66870.08930.6996-0.42990.20040.01430.01960.22310.00220.2802-3.662614.0995-39.5668
93.1133-0.4967-0.81781.66051.71412.5699-0.1040.0890.3054-0.01280.0348-0.2966-0.31010.27510.00490.2351-0.061-0.0480.1550.0250.1196-10.820122.5724-44.7685
102.17420.03480.01973.55070.18652.5263-0.06820.05770.1211-0.21980.10120.1415-0.2682-0.0838-0.03220.1556-0.0022-0.02760.13350.00930.09-20.329115.9951-45.8723
111.85340.37770.73582.6530.31163.5095-0.01130.04480.0117-0.10760.13740.13730.0321-0.2028-0.02710.11340.0137-0.01620.12330.00750.1392-24.56648.8824-43.5618
120.85150.2639-0.30680.6531-0.0275.08930.0572-0.1665-0.5791-0.1451-0.219-0.24751.03350.33280.27280.40260.03990.00420.21570.12570.5795-14.5119-20.222-36.8228
134.6523-2.32712.282.9182-1.35187.25350.16250.0889-0.3469-0.0966-0.2112-0.29760.46110.83340.06960.1808-0.0132-0.01320.21160.06280.3499-10.1378-10.6454-39.5273
140.8177-0.5182-0.33369.1181.36112.62720.045-0.3213-0.40450.43540.0444-0.31770.31430.0072-0.08210.1516-0.0136-0.04870.21760.10660.3068-17.9257-7.7069-30.7385
151.87840.6432-0.01763.2745-0.59262.64570.077-0.1464-0.69950.04670.07970.11570.3601-0.2556-0.07320.2083-0.0673-0.04130.2130.08480.3854-26.7666-11.5589-35.4611
162.8688-0.1877-1.68971.9353-0.3284.93510.00050.0817-0.1963-0.20050.14040.38130.1683-0.3053-0.0830.1703-0.0547-0.0380.16820.00470.2177-27.43-2.7862-45.3924
175.8311-1.1352-2.88617.63910.7784.9401-0.1118-0.22910.3381.1650.38050.2527-0.1429-0.0749-0.28040.40590.02540.12990.4220.05630.217-26.86882.7001-20.8821
181.278-1.02460.16220.8305-0.0634.29680.21110.13950.6868-0.0325-0.1623-0.0955-0.96660.1911-0.02140.6912-0.0493-0.01850.20180.04010.5489-12.0726-18.2219-9.6484
191.91991.3881-0.78333.6015-1.66068.08540.6265-0.46040.7720.5706-0.50580.3182-1.07810.5248-0.20160.3248-0.05750.00590.1929-0.02690.2914-9.2835-28.28770.9909
204.76321.73410.56184.1925-0.14388.63370.10180.18510.4787-0.05080.01410.0304-0.88020.7834-0.06740.344-0.0310.05520.25560.0670.282-5.7056-27.5871-13.6624
211.12870.3143-0.12444.96440.36130.0571-0.02780.11910.6669-0.313-0.0450.1186-0.9015-0.0962-0.08360.62660.0872-0.02760.18780.0720.4001-16.2881-21.8542-13.8021
221.82920.78640.22474.22360.49121.0636-0.11480.06240.3698-0.01510.15490.2033-0.6464-0.1313-0.04080.31710.0774-0.01860.20370.02660.2581-18.802-32.7045-10.8206
231.2589-0.2597-0.21272.55030.11190.34740.080.27450.5495-0.392-0.01910.3506-0.6334-0.49250.03860.38050.147-0.03990.30810.05430.35-24.7816-29.2445-15.2068
243.5817-0.19660.88873.470.08511.80960.0257-0.41620.62850.2596-0.09250.4891-0.5926-0.7013-0.07810.4110.16960.04920.3198-0.1080.4619-27.1264-28.3803-0.0237
250.81730.68580.00142.19060.4880.69150.0261-0.29130.32730.2297-0.04250.3232-0.435-0.49090.05920.21750.07410.03080.2392-0.0540.2378-22.5395-36.19521.7871
263.15620.9470.52333.11650.4551.5168-0.23560.65120.0158-0.74480.41250.3863-0.2562-0.2838-0.02790.38570.0007-0.11380.41030.08120.2895-26.236-41.1611-23.0237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 50 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 121 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 137 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 179 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 25 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 26 through 36 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 50 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 51 through 71 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 72 through 137 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 138 through 179 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 25 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 50 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 51 through 80 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 81 through 136 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 137 through 164 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 165 through 178 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 25 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 26 through 36 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 37 through 50 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 51 through 71 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 72 through 96 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 97 through 121 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 122 through 137 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 138 through 164 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 165 through 179 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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