PDB-1yvo: hypothetical acetyltransferase from P.aeruginosa PA01

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yvo

タイトル

hypothetical acetyltransferase from P.aeruginosa PA01

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

TRANSFERASE / Hypothetical protein / structural genomics / hypothetical acetyltransferase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nocek, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical acetyltransferase from P.aeruginosa PA01
著者: Nocek, B. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yvo.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yvo.ent.gz	63.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yvo_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yvo_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	1yvo_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	1yvo_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ghe 1j4j 1vhs
類似構造データ	2j8n-d 2j8r-d 5dwm-1 3qe4-1 5dwn-1 6pu7-1 1i6m-d 5wip-1 6z15-1 5dwm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pa4866

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.015, 84.007, 85.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Based on crystallographic packing, it is likely that dimer is relavent oligomeric form

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 18949.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: peT15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9HUU7, 転移酵素; アシル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.4M Ammonium Chloride, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月13日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→60.08 Å / Num. obs: 28007 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2804 / R_sym value: 0.487 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→60.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.175 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20807	1384	5 %	RANDOM
R_work	0.18566	-	-	-
all	0.18682	27528	-	-
obs	0.18681	26144	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2619	0	0	266	2885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.939	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.633	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.186	23.134	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.473	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.933	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.729	1.5	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.175	2	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.953	3	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.854	4.5	981
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	107	-
R_work	0.22	1913	-
obs	-	-	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8183	-0.2494	-0.0125	0.7315	-0.2794	1.2929	-0.0119	0.14	0.0513	-0.0948	0.0501	0.0089	0.0877	-0.0197	-0.0383	-0.0517	-0.0479	-0.0052	0.0125	-0.0081	-0.0668	17.468	63.752	16.821
2	1.3158	0.0605	-0.0885	1.0403	-0.1196	0.6171	0.0135	0.0495	0.1117	0.0744	-0.0296	-0.0545	-0.0203	-0.0662	0.0162	-0.0606	0.0107	-0.014	-0.0401	0.0072	-0.039	33.923	73.787	36.134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 172	4 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 172	4 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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