+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fgt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with 1-methylpyridinone compound 3 | ||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dalle Vedove, A. / Spiliotopoulos, D. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Small-Molecule Binding to the BAZ2A and BAZ2B Bromodomains. 著者: Dalle Vedove, A. / Spiliotopoulos, D. / D'Agostino, V.G. / Marchand, J.R. / Unzue, A. / Nevado, C. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 940.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 943.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fg6C ![]() 6fgfC ![]() 6fggC ![]() 6fghC ![]() 6fgiC ![]() 6fglC ![]() 6fguC ![]() 6fgvC ![]() 6fgwC ![]() 6fh6C ![]() 6fh7C ![]() 5dyuS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-D9T / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG500MME, 2% PEG1000, 2% PEG3350, 10% PEG20000, 2% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.29 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1148 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.162 / Rrim(I) all: 0.451 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5DYU 解像度: 2→40.803 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.32
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.803 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|