PDB-6ff6: Crystal structure of novel repeat protein BRIC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ff6

タイトル

Crystal structure of novel repeat protein BRIC1

要素

BRIC1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Novel fold / computational design / corrugated repeat

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

ElGamacy, M. / Coles, M. / Ernst, P. / Zhu, H. / Hartmann, M.D. / Plueckthun, A. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2018
タイトル: An Interface-Driven Design Strategy Yields a Novel, Corrugated Protein Architecture.
著者: ElGamacy, M. / Coles, M. / Ernst, P. / Zhu, H. / Hartmann, M.D. / Pluckthun, A. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2018年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ff6.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ff6.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ff6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ff6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ff6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fesC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d9h-d 3ezq-4 5owr-2 7k4p-d 4rlo-d 6mh9-d 5ig1-d 4gn5-d 3a60-d 3ezq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BRIC1

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BRIC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.661, 41.953, 58.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	BRIC1 分子量: 28491.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1-99: N-terminal designed bundle. 100-104: designed loop 105-203: C-terminal designed bundle 204-228: Natural capping helix from the CheA HPT domain. 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20,000, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2 and 100 mM Tris-BICINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40.84 Å / Num. obs: 9739 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.55 % / B_iso Wilson estimate: 88.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 6.16 % / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
BUSTER	精密化
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

解像度: 2.5→40.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.454 / SU R_free Blow DPI: 0.291 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.298

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	780	8.01 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.233	9739	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2563 Å²	0 Å²	-12.9121 Å²
2-	-	-22.8791 Å²	0 Å²
3-	-	-	18.6228 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→40.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1791	0	0	0	1791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1821	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.99	2450	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		660	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		319	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1821	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.39
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.2
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		234	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2153	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3023	218	8.01 %
R_work	0.2492	2503	-
all	0.2532	2721	-
obs	-	-	99.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3069	1.3307	0.4788	7.0163	0.0294	6.0806	-0.1733	0.2487	0.4994	-0.3049	-0.0392	-0.5086	-0.0091	-0.4399	0.2125	-0.3049	-0.0708	0.06	-0.0683	-0.0622	-0.1792	21.9192	2.8503	60.7388
2	6.0039	-0.9495	-2.9054	2.4257	-1.0236	5.3314	-0.0763	-0.1167	0.2746	-0.0524	-0.2401	0.034	-0.5474	-0.5452	0.3164	-0.2214	0.149	-0.0646	0.304	-0.1303	-0.305	-12.0518	0.0104	35.0153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 101}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|102 - 228}

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関連情報:EMDBヘッダ

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