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- PDB-6fes: Crystal structure of novel repeat protein BRIC2 fused to DARPin D12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fes
タイトルCrystal structure of novel repeat protein BRIC2 fused to DARPin D12
要素D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / Novel fold / computational design / corrugated repeat
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者ElGamacy, M. / Coles, M. / Ernst, P. / Zhu, H. / Hartmann, M.D. / Plueckthun, A. / Lupas, A.
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2018
タイトル: An Interface-Driven Design Strategy Yields a Novel, Corrugated Protein Architecture.
著者: ElGamacy, M. / Coles, M. / Ernst, P. / Zhu, H. / Hartmann, M.D. / Pluckthun, A. / Lupas, A.N.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
B: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
C: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
D: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,54520
ポリマ－164,2464
非ポリマー1,29916
水91951
1
A: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4746
ポリマ－41,0621
非ポリマー4125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3164
ポリマ－41,0621
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2824
ポリマ－41,0621
非ポリマー2203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4746
ポリマ－41,0621
非ポリマー4125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.990, 63.000, 133.540
Angle α, β, γ (deg.)97.99, 91.92, 110.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
D12_BRIC2, a synthetic protein,D12_BRIC2, a synthetic protein


分子量: 41061.582 Da / 分子数: 4
断片: D12 residues 11-157, linker residues 158-172,Residues 173-375,D12 residues 11-157, linker residues 158-172,Residues 173-375
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.33 Å / Num. obs: 31567 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.308 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: one DARPin chain from structure 4ydw

4ydw


解像度: 3→44.895 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 1573 4.99 %
Rwork0.2509 --
obs0.2529 31544 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→44.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11402 0 73 51 11526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65915702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1547875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.09690.35971440.35562757X-RAY DIFFRACTION100
3.0969-3.20750.37621410.34462680X-RAY DIFFRACTION99
3.2075-3.33590.38091460.3382785X-RAY DIFFRACTION99
3.3359-3.48770.39411420.33932733X-RAY DIFFRACTION99
3.4877-3.67150.39131410.31492701X-RAY DIFFRACTION98
3.6715-3.90140.33591380.27912678X-RAY DIFFRACTION97
3.9014-4.20240.30681440.24292737X-RAY DIFFRACTION100
4.2024-4.62490.24751440.21762707X-RAY DIFFRACTION99
4.6249-5.29320.29671470.22532784X-RAY DIFFRACTION100
5.2932-6.66540.30961440.27372728X-RAY DIFFRACTION99
6.6654-44.90030.2081420.18272681X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.3111 Å / Origin y: 2.9493 Å / Origin z: 19.6649 Å
111213212223313233
T0.4603 Å2-0.0384 Å20.0566 Å2-0.4467 Å20.0046 Å2--0.6163 Å2
L0.5622 °2-0.0298 °2-0.1339 °2-0.3586 °20.0044 °2--0.4233 °2
S-0.0153 Å °-0.0611 Å °0.0204 Å °0.0528 Å °-0.0036 Å °-0.0545 Å °-0.0231 Å °-0.0034 Å °0.0159 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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