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- PDB-6fax: Complex of Human CD40 Ectodomain with Lob 7.4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fax
タイトルComplex of Human CD40 Ectodomain with Lob 7.4 Fab
要素
  • Lob 7.4 heavy chain
  • Lob 7.4 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD40 / engineered Fab / agonist / mAb
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin ...cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin / positive regulation of protein kinase C signaling / defense response to protozoan / B cell activation / B cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / platelet activation / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein-containing complex assembly / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Orr, C.M. / Tews, I. / Pearson, A.R.
資金援助 ドイツ, 英国, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
German Federal Excellence Cluste ドイツ
Institute for Life Sciences, University of Southampton 英国
Antibody and Vaccine Group, 英国
Cancer Research UK Antibody Programme 英国
European Union602262-2
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2018
タイトル: Complex Interplay between Epitope Specificity and Isotype Dictates the Biological Activity of Anti-human CD40 Antibodies.
著者: Yu, X. / Chan, H.T.C. / Orr, C.M. / Dadas, O. / Booth, S.G. / Dahal, L.N. / Penfold, C.A. / O'Brien, L. / Mockridge, C.I. / French, R.R. / Duriez, P. / Douglas, L.R. / Pearson, A.R. / Cragg, ...著者: Yu, X. / Chan, H.T.C. / Orr, C.M. / Dadas, O. / Booth, S.G. / Dahal, L.N. / Penfold, C.A. / O'Brien, L. / Mockridge, C.I. / French, R.R. / Duriez, P. / Douglas, L.R. / Pearson, A.R. / Cragg, M.S. / Tews, I. / Glennie, M.J. / White, A.L.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Lob 7.4 light chain
H: Lob 7.4 heavy chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5153
ポリマ－68,5153
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.753, 158.753, 93.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 Lob 7.4 light chain


分子量: 23463.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Lob 7.4 heavy chain


分子量: 25864.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 141 - 146 not visible in electron density. Pre crystallisation, construct was treated with pepsin, expected cleavage site ~ residue 240. Residues 227 onwards are not visible in the electron density.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 19187.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1 - 20 are post-translationally cleaved. Residues 124 - 194 are not visible in the electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2745.86
22.2745.86
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法NA
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法NA

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.976254
シンクロトロンESRF ID23-120.969995
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2015年4月4日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2015年4月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9762541
20.9699951
反射解像度: 2.99→52 Å / Num. obs: 27589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.99→3.18 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.912 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia20.4.0.338-g7e19e23-dials-1.2データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U6A

1u6a


解像度: 2.99→137.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.084 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23121 1319 4.8 %RANDOM
Rwork0.18482 ---
obs0.18707 26355 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.59 Å21.3 Å20 Å2
2--2.59 Å20 Å2
3----8.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.99→137.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4057 0 0 21 4078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.024166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1341.9485668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15438546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.7475.076529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.45425.116172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.715682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5821512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.1488.4252109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.1358.4222108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.21712.6232631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.21512.6272632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.258.9322057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.258.9352058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.56113.143038
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.05896.6024385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.05796.6284386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.992→3.069 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 78 -
Rwork0.362 1866 -
obs--95.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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