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- PDB-1l8v: Crystal Structure of a Mutant (C109G,G212C) P4-P6 Domain of the G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8v
タイトルCrystal Structure of a Mutant (C109G,G212C) P4-P6 Domain of the Group I Intron from Tetrahymena Thermophilia
要素P4-P6 RNA ribozyme domain
キーワードRNA / Ribozyme Domain / A-minor
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Battle, D.J. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Specificity of RNA-RNA Helix Recognition
著者: Battle, D.J. / Doudna, J.A.
履歴
登録2002年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P4-P6 RNA ribozyme domain
B: P4-P6 RNA ribozyme domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,68712
ポリマ－101,4442
非ポリマー24310
水4,252236
1
A: P4-P6 RNA ribozyme domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8446
ポリマ－50,7221
非ポリマー1225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P4-P6 RNA ribozyme domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8446
ポリマ－50,7221
非ポリマー1225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.455, 129.918, 144.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological assembly is a monomer

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要素

#1: RNA鎖 P4-P6 RNA ribozyme domain


分子量: 50722.113 Da / 分子数: 2 / 変異: C109G/G212C / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SEQUENCE IS A Synthetic construct from in-vitro transcription. It is based on the sequence from Tetrahymena Thermophilia.
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, magnesium chloride, cacodylate, spermine, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MgCl11
3cacodylate11
4spermine11
5NaCl11
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
122 %1reservoir
250 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
30.05 mMspermine1reservoir
44 mg/mlprotein1drop
55 mMHEPES-NaOH1droppH7.5
65 mM1dropNaCl
740-70 mM1dropMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日
放射モノクロメーター: Si(111) or (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 38092 / Num. obs: 33255 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / % possible all: 65.2
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GID

1gid


解像度: 2.8→38.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 561769.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1670 5 %RANDOM
Rwork0.29 ---
all0.29 38092 --
obs0.29 33255 87.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 79.5611 Å2 / ksol: 0.318679 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 122.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--42.06 Å20 Å20 Å2
2--84.76 Å20 Å2
3----42.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.91 Å1.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6714 10 236 6960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 198 4.9 %
Rwork0.5497 3877 -
obs--65.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 99 Å / Rfactor all: 0.29 / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.48
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.521 / Rfactor Rwork: 0.549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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