PDB-6f7c: TUBULIN-Compound 12 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f7c

タイトル

TUBULIN-Compound 12 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Colchicine-Site targeting Acylhydrazones active against Multidrug-Resistant Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Cury, N.M. / Muhlethaler, T. / Laranjeira, A.B.A. / Canevarolo, R.R. / Zenatti, P.P. / Lucena-Agell, D. / Barasoain, I. / Song, C. / Sun, D. / Dovat, S. / Yunes, R.A. / Prota, A.E. / ...

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f7c.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f7c.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gf3-d 5xhc-d 4i50-d 6nng-d 5m7g-d 5zxh-d 5xkf-d 5h74-d 5yl4-d 5xaf-d 7jfr-d 5mf4-d 6o61-d 5z4u-d 6s9e-d 5njh-d 5jqg-d 6d88-d 7daf-d 6fjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.810, 157.900, 180.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 728分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-CVT / 3,4,5-trimethoxy-~{N}-[(~{E})-naphthalen-1-ylmethylideneamino]benzamide / N′-[(E)-(1-ナフチル)メチレン]-3,4,5-トリメトキシベンズヒドラジド分子量: 364.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀N₂O₄
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4K, 16% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M MES/0.1M IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→60 Å / Num. obs: 199860 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 17.81
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 3.984 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 14518 / CC_1/2: 0.254 / R_rim(I) all: 4.131 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2863: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.002→59.542 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	10119	5.06 %
R_work	0.2117	-	-
obs	0.2133	199845	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→59.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16722	0	198	713	17633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	23521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.163	6417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.002-2.0248	0.3999	258	0.3967	5157	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0248-2.0486	0.3529	303	0.3612	6358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.0736	0.3557	337	0.3501	6228	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0736-2.0998	0.3685	329	0.3455	6299	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0998-2.1275	0.3654	341	0.3419	6330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1275-2.1566	0.3685	335	0.3288	6243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1566-2.1874	0.334	318	0.3132	6313	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1874-2.2201	0.3256	361	0.3067	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2201-2.2548	0.3345	345	0.2924	6294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2548-2.2917	0.3209	336	0.2867	6306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2917-2.3313	0.334	353	0.2831	6287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3313-2.3737	0.3197	365	0.2758	6319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3737-2.4193	0.3008	362	0.263	6261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4193-2.4687	0.3086	347	0.2579	6334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4687-2.5224	0.302	357	0.2588	6308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5224-2.5811	0.2732	346	0.2461	6328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5811-2.6456	0.2797	342	0.2388	6331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.7171	0.2857	313	0.244	6381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7171-2.7971	0.2698	321	0.238	6360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7971-2.8874	0.2747	352	0.2396	6354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8874-2.9906	0.2675	314	0.23	6410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9906-3.1103	0.2767	316	0.223	6413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1103-3.2518	0.2681	345	0.2247	6354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2518-3.4233	0.2647	338	0.2093	6414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4233-3.6377	0.2215	339	0.193	6417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6377-3.9185	0.2094	378	0.1797	6381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9185-4.3128	0.1961	311	0.1611	6489	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3128-4.9366	0.1771	346	0.1434	6477	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9366-6.2185	0.2072	337	0.1802	6537	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2185-59.5683	0.2138	374	0.2029	6754	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3649	0.0306	-0.0747	4.3813	1.6941	2.9235	-0.0256	0.2525	0.123	-0.6328	0.3864	-0.4625	-0.6931	0.562	-0.3008	0.5383	-0.1375	0.1193	0.5671	-0.198	0.4815	31.7493	86.2816	53.1874
2	2.5496	0.0466	0.5725	3.7388	1.3696	3.9293	0.113	-0.1619	0.1469	0.485	-0.1016	0.1855	-0.1257	-0.132	-0.0142	0.5128	-0.0189	0.1097	0.4105	-0.1492	0.4589	17.6908	86.3308	71.1946
3	2.0433	-0.2843	-0.3291	4.753	2.2576	4.1558	0.0506	0.0335	-0.2107	0.9359	0.266	-0.4358	0.9098	0.5237	-0.248	0.5243	0.1205	-0.0895	0.4527	-0.1512	0.4938	29.5908	62.0703	61.8838
4	2.4357	-0.5168	-0.2499	3.7126	1.4464	2.8158	0.1006	0.1945	0.4059	-0.4175	0.0113	-0.0566	-0.5548	0.0516	-0.1168	0.4003	-0.006	0.0626	0.3977	-0.062	0.4283	21.4569	61.0249	21.1641
5	2.0881	-0.8731	-0.1059	1.5472	0.6312	3.568	-0.0385	-0.2193	0.1148	0.1552	-0.144	0.3276	-0.0887	-0.7532	0.1234	0.3384	-0.0024	0.0705	0.546	-0.2152	0.535	7.1183	59.8892	38.6324
6	1.4039	-0.005	-0.1943	4.7419	3.1013	6.5976	-0.0289	-0.224	-0.221	0.8787	-0.0387	0.0998	0.8185	0.1499	0.0699	0.3645	0.02	-0.0322	0.3616	-0.0425	0.3354	22.6993	37.4366	30.8351
7	1.9638	-0.2359	0.1694	3.335	0.0923	2.2845	-0.0509	0.2111	0.1321	-0.2855	0.1394	-0.0869	-0.2041	0.2214	-0.0786	0.2936	-0.0851	0.052	0.4004	-0.0473	0.3127	20.1316	32.7918	-11.4899
8	2.3672	-0.5847	1.0769	1.813	1.0654	3.3717	-0.0041	-0.0259	0.101	-0.0057	-0.1667	0.2881	0.0074	-0.5199	0.1471	0.2659	-0.0706	0.0458	0.346	-0.0437	0.3778	2.4703	31.0797	3.5236
9	2.696	-1.2016	-3.0578	4.684	5.2196	7.5871	0.0032	0.0692	-0.1821	0.448	0.1978	-0.2038	0.5932	0.3762	-0.191	0.3563	0.0694	-0.0647	0.2707	-0.0207	0.3226	22.635	10.7604	2.0923
10	2.7156	-0.3015	-0.2546	2.6533	-0.4683	2.3762	-0.1896	0.8994	-0.1341	-0.6349	0.3101	-0.1807	0.3087	0.0311	-0.1375	0.6832	-0.1412	0.0995	0.866	-0.1968	0.4393	24.2497	2.4257	-39.9396
11	2.3462	0.2091	-0.3087	2.2362	0.4848	3.336	-0.1455	0.5003	-0.1019	-0.1878	0.2233	0.2757	0.3404	-0.5187	-0.0843	0.5158	-0.1218	0.0028	0.5955	-0.1253	0.4109	7.7961	-0.7427	-24.852
12	2.345	-2.0798	-2.4542	1.9991	1.8024	3.5622	-0.1146	0.31	-1.0643	-0.1088	0.1227	-0.185	0.8648	0.4003	0.2442	0.9895	0.0449	0.1114	0.7098	-0.3908	0.8188	29.0049	-18.5268	-26.5757
13	4.0705	-3.3372	1.0645	5.0283	-0.4815	0.3651	-0.4103	-0.361	0.4606	1.9056	0.3678	-1.1747	-0.9308	0.6732	-0.1102	1.1623	-0.1173	-0.0331	0.6751	-0.2371	0.683	25.3379	95.1796	84.1598
14	1.6208	2.6869	2.7711	4.4218	4.7064	5.6575	-0.0727	-0.3736	0.4395	0.2925	0.3968	-0.189	0.1852	0.6391	-0.3902	0.475	-0.0039	0.0389	1.0516	-0.3881	0.8101	43.7401	55.2487	34.5911
15	0.2315	-0.678	-0.9513	8.8367	8.3388	8.3285	-0.0984	-0.0855	-0.124	0.3639	0.3469	-0.3498	0.5673	0.7912	-0.2628	0.6252	0.1144	0.117	0.9485	-0.3037	0.8484	42.5762	7.6139	-18.6845
16	4.0913	1.624	-0.6174	5.525	0.139	5.1228	-0.2263	0.6811	-0.8701	0.0974	-0.0622	-0.0733	1.3914	-0.2957	0.1912	0.8732	-0.0736	0.1432	0.5975	-0.198	0.6359	6.1443	54.613	70.0623
17	2.5239	-0.4447	-1.2719	4.7491	-1.8552	4.735	-0.1025	-0.9578	-0.3289	0.6387	-0.2345	-0.5553	0.0782	1.3659	0.3624	0.819	0.1523	-0.1369	1.003	0.1273	0.6712	11.9517	59.6747	104.5933
18	2.8037	0.4721	-1.9011	0.7878	-0.4598	2.7719	-0.4236	0.066	-0.8002	0.2195	0.2022	0.0197	0.7408	-0.2392	0.0983	0.8827	0.0218	0.1385	0.4319	0.0281	0.6734	-3.3886	56.6026	91.5751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 436)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 436)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 436)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 7 through 28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 45 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 140)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 379)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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