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万見
- PDB-6f56: Mutant of Human N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f56
タイトルMutant of Human N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / N-Myristoyltransferase / mutant / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


myristoyltransferase activity / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / Late Phase of HIV Life Cycle / cellular ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane ...myristoyltransferase activity / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / Late Phase of HIV Life Cycle / cellular ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9401987668 Å
データ登録者Brenk, R. / Kehrein, J. / Kersten, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: How To Design Selective Ligands for Highly Conserved Binding Sites: A Case Study UsingN-Myristoyltransferases as a Model System.
著者: Kersten, C. / Fleischer, E. / Kehrein, J. / Borek, C. / Jaenicke, E. / Sotriffer, C. / Brenk, R.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
D: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,22521
ポリマ－190,3874
非ポリマー4,83817
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13400 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area65210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.190, 159.130, 174.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1


分子量: 47596.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000 22 % Sodium citrate 0.1 M Glycerol 2.5 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→87.495 Å / Num. obs: 112254 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7375608735 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.94→1.974 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.839 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4257 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.541 / Rrim(I) all: 1.003 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7データ収集
PHASER2.8.0位相決定
Coot0.8.2モデル構築
PHENIX1.12_2829精密化
XDSBUILT=20170615データ削減
XSCALEBUILT=20170615データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C2Y

4c2y


解像度: 1.9401987668→87.495 Å / SU ML: 0.236556340204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34087675499 / 位相誤差: 28.716419119
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239438285168 5517 4.92000642089 %
Rwork0.199550279057 --
obs0.201532698232 112134 92.6650690026 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.4604115534 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9401987668→87.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12532 0 310 464 13306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032342561794313264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69058742812118033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04752504522961949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004171012094662259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.65665516064978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9402-1.96220.3575177888821000.3473761957192182X-RAY DIFFRACTION57.6845298281
1.9622-1.98530.3483771824751820.2814707158193782X-RAY DIFFRACTION99.7483643684
1.9853-2.00950.3330806763792030.274912009933800X-RAY DIFFRACTION99.875249501
2.0095-2.0350.3160371029991880.2601421624093758X-RAY DIFFRACTION99.7976732423
2.035-2.06180.3208043470381380.2698394507952542X-RAY DIFFRACTION93.7062937063
2.0618-2.090.370570335025260.343839780733507X-RAY DIFFRACTION72.1244925575
2.09-2.11990.3064337673281890.2358882935333766X-RAY DIFFRACTION99.6723790323
2.1199-2.15150.3087752764412100.2341685119893794X-RAY DIFFRACTION99.8503740648
2.1515-2.18510.3143681448851850.2309445718173764X-RAY DIFFRACTION99.8482932996
2.1851-2.2210.2964119101761980.2220363258413812X-RAY DIFFRACTION99.9252429604
2.221-2.25930.293028359767930.2522567777781703X-RAY DIFFRACTION44.7099825741
2.2593-2.30040.2887036733532020.2197510505423767X-RAY DIFFRACTION99.7988433493
2.3004-2.34460.271612128571810.2170843889613839X-RAY DIFFRACTION99.8757763975
2.3446-2.39250.2736328945262010.2154599620043767X-RAY DIFFRACTION99.7987927565
2.3925-2.44450.258561584011850.2105406680783832X-RAY DIFFRACTION99.9005222581
2.4445-2.50140.2551370259362100.2090856523193783X-RAY DIFFRACTION99.8749374687
2.5014-2.56390.2663601324882230.2206237614473796X-RAY DIFFRACTION99.751799454
2.5639-2.63320.2782091680452110.2226895766793818X-RAY DIFFRACTION99.9255952381
2.6332-2.71070.2814134885331780.2158532032953792X-RAY DIFFRACTION99.8993457474
2.7107-2.79820.2587923503831970.2137238647463862X-RAY DIFFRACTION99.9261447563
2.7982-2.89820.3125545526811940.2101312959033835X-RAY DIFFRACTION99.9751861042
2.8982-3.01430.2513008006941960.2023904228883836X-RAY DIFFRACTION99.8761456527
3.0143-3.15150.2447051348521970.2093429422583823X-RAY DIFFRACTION99.9005964215
3.1515-3.31760.2383893948982020.1961056574833872X-RAY DIFFRACTION99.8040176384
3.3176-3.52550.2193023165591940.1887793949043865X-RAY DIFFRACTION99.8769685039
3.5255-3.79770.2446174731511910.1799814406523861X-RAY DIFFRACTION100
3.7977-4.17990.1685952910371940.1605732417923930X-RAY DIFFRACTION100
4.1799-4.78470.1557127083962310.1441515838743869X-RAY DIFFRACTION99.6839290056
4.7847-6.0280.1891627839032120.1735249790493928X-RAY DIFFRACTION99.5192307692
6.028-87.58410.242446956312060.206600360054132X-RAY DIFFRACTION99.2677345538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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