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- PDB-5voh: Crystal structure of engineered water-forming NADPH oxidase (TPNO... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5voh | ||||||
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Title | Crystal structure of engineered water-forming NADPH oxidase (TPNOX) bound to NADPH. The G159A, D177A, A178R, M179S, P184R mutant of LbNOX. | ||||||
![]() | NADH oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADPH / redox active cysteine / water-forming oxidase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cracan, V. / Grabarek, Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: A genetically encoded tool for manipulation of NADP(+)/NADPH in living cells. Authors: Cracan, V. / Titov, D.V. / Shen, H. / Grabarek, Z. / Mootha, V.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 377.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 302.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5vn0C ![]() 5er0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56216.816 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 19-468 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 300 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-NDP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Crystals were grown in 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4 for TPNOX at 21 oC. Crystals were briefly soaked for 1-3 min in the formulation with 15 % (v/v) of ethylene ...Details: Crystals were grown in 25 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4 for TPNOX at 21 oC. Crystals were briefly soaked for 1-3 min in the formulation with 15 % (v/v) of ethylene glycol supplemented with 20-30 mM NADPH and were quickly frozen in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 96175 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 718655 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ER0 Resolution: 2.302→47.888 Å / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.91 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.07 Å2 / Biso mean: 38.9966 Å2 / Biso min: 17.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.302→47.888 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 98 %
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