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Yorodumi- PDB-5vn0: Water-forming NADH oxidase from Lactobacillus brevis (LbNOX) boun... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vn0 | ||||||
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Title | Water-forming NADH oxidase from Lactobacillus brevis (LbNOX) bound to NADH. | ||||||
Components | NAD(FAD)-dependent dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Substrate bound / redox active cysteine / water-forming oxidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus brevis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.001 Å | ||||||
Authors | Cracan, V. / Grabarek, Z. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2017 Title: A genetically encoded tool for manipulation of NADP(+)/NADPH in living cells. Authors: Cracan, V. / Titov, D.V. / Shen, H. / Grabarek, Z. / Mootha, V.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vn0.cif.gz | 784.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vn0.ent.gz | 640.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vn0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vohC 5er0S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 56128.723 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus brevis (strain ATCC 367 / JCM 1170) (bacteria) Strain: ATCC 367 / JCM 1170 / Gene: LVIS_1558 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q03Q85 |
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-Non-polymers , 5 types, 2620 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-OXY / #4: Chemical | ChemComp-NAI / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Crystalls were grown in 20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, soaked briefly for 1-3 min in the formulation with 20-30mM NADH and quickly frozen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.97007 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97007 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 282997 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 1096258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ER0 Resolution: 2.001→42.948 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.55 Å2 / Biso mean: 29.2999 Å2 / Biso min: 9.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.001→42.948 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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