PDB-6f16: GLIC mutant H277Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f16

タイトル

GLIC mutant H277Q

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f16.cif.gz	657.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f16.ent.gz	545.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hjb-d 5j0z-d 5mvm-d 3uub-2 4hfe-d 3uu8-d 6hyv-d 4zzc-d 6f0r-d 6hjz-1 6hj3-d 6hzw-d 3uu5-d 4hfh-d 6hz1-d 6f15-d 6f11-d 6hy9-d 3tlv-d 6hjz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

192 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.700, 132.780, 161.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36267.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH 4 400 NaSCN 12-15% PEG4000 15% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.48 Å / Num. obs: 115236 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 58.63 Å² / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.6→21.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9171 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9068 / SU R Cruickshank DPI: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.284 / SU R_free Blow DPI: 0.214 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.225

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2192	4691	4.92 %	RANDOM
R_work	0.2013	-	-	-
obs	0.2022	95290	82.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0391 Å²	0 Å²	-4.9007 Å²
2-	-	3.1724 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2115 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.353 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→21.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12675	0	415	72	13162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13387	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	18193	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4620	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		270	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1901	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13387	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.09
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.94
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1775	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14793	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3053	127	4.59 %
R_work	0.2562	2641	-
all	0.2584	2768	-
obs	-	-	32.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.937	-0.1878	0.6945	0.7698	-0.2736	2.1609	0.0043	-0.112	0.1	-0.0291	0.0566	0.0705	-0.3038	-0.3381	-0.0609	-0.0647	0.0716	-0.0312	-0.153	0.0043	-0.1862	40.3797	-6.7323	30.5098
2	1.8059	0.0774	1.6242	0.4806	0.1635	2.6447	0.063	-0.0631	-0.0777	0.0735	-0.0271	0.1424	0.023	-0.2241	-0.0359	-0.2077	0.0361	-0.0104	-0.0041	-0.0055	-0.1424	28.1811	-27.9737	36.417
3	1.1675	0.0971	1.145	0.7606	0.3092	2.5893	0.0989	0.0473	-0.2473	-0.0367	-0.0467	0.0818	0.2057	-0.0224	-0.0523	-0.1392	0.0151	-0.0594	-0.1477	-0.0254	-0.1117	42.4324	-47.5715	29.3877
4	0.98	0.0933	0.6616	0.8105	0.4638	2.5211	-0.0142	0.1618	-0.1066	-0.2033	0.0036	-0.114	-0.1372	0.2395	0.0105	-0.1411	0.0566	-0.0192	-0.1385	-0.0448	-0.1518	63.4755	-38.4006	18.7568
5	0.906	-0.0913	0.8147	0.7359	-0.3425	2.9115	-0.0134	0.0527	0.1558	-0.1516	-0.04	-0.1478	-0.1758	0.0788	0.0533	-0.0851	-0.0188	0.0029	-0.1701	0.0169	-0.1599	62.1514	-13.1686	19.5241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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