PDB-6f0i: GLIC mutant E26A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0i

タイトル

GLIC mutant E26A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0i.cif.gz	649 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0i.ent.gz	544.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0i_validation.pdf.gz	984.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0i_full_validation.pdf.gz	996 KB	表示
XML形式データ	6f0i_validation.xml.gz	53.6 KB	表示
CIF形式データ	6f0i_validation.cif.gz	73.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qh4-d 2xq4-d 6hya-d 4lml-d 6hyz-d 4lmk-d 3p50-d 6emx-d 5mzr-d 3ehz-d 4ilb-d 5heh-d 3tlt-d 6f13-d 3eam-d 5mur-d 5mzq-d 3tls-d 4ire-d 4il4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

186 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.067, 133.412, 159.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36219.688 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.31 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4 詳細: PEG 4000, 15% Glycerol, 0.1M Sodium acetate, 0.4M Thiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.54 Å / Num. obs: 74072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 92.52 Å² / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9089 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8799 / SU R Cruickshank DPI: 0.472 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.421 / SU R_free Blow DPI: 0.265 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.278

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	3724	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2079	-	-	-
obs	0.2087	73952	99.86 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.3616 Å²	0 Å²	20.467 Å²
2-	-	-4.5726 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.9342 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.436 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12660	0	183	36	12879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13161	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	17951	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4428	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1902	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13161	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1771	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15344	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	258	4.71 %
R_work	0.2553	5215	-
all	0.2568	5473	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0867	0.0328	0.8185	0.6039	-0.2006	2.0103	0.0214	-0.0785	0.1026	-0.048	0.0349	0.07	-0.2445	-0.252	-0.0562	0.1207	0.1351	-0.167	-0.1132	-0.0205	-0.1498	40.2798	-6.7789	29.7356
2	2.2796	0.1357	2.7235	0.5156	0.2193	4.1392	0.0817	-0.0776	-0.0773	0.1096	-0.0362	0.1728	0.0191	-0.2821	-0.0455	-0.0779	0.0326	-0.1212	0.0722	0.0049	-0.1275	28.4421	-27.8784	36.0217
3	0.9973	0.311	1.0663	0.7969	0.7286	2.7935	0.0824	0.0174	-0.2003	-0.0714	-0.0661	0.1267	0.1879	-0.0602	-0.0162	0.0873	0.0576	-0.2418	-0.1292	-0.0452	-0.0932	42.1901	-47.5347	28.8952
4	0.893	0.1534	0.9628	0.632	0.4261	3.5384	0.0042	0.1521	-0.1041	-0.1948	-0.0144	-0.0557	-0.0507	0.2444	0.0102	0.0577	0.095	-0.1615	-0.0356	-0.0753	-0.134	62.8066	-38.4101	17.9062
5	0.7775	-0.2416	0.6981	0.693	-0.825	2.7424	0.007	0.0639	0.1246	-0.1539	-0.0649	-0.1212	-0.0352	0.1018	0.0579	0.1585	-0.0386	-0.1557	-0.1029	0.0194	-0.1441	61.5991	-13.2595	18.5694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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