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- PDB-5mzq: X-ray structure of the M205W mutant of GLIC in complex with bromoform -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzq
タイトルX-ray structure of the M205W mutant of GLIC in complex with bromoform
要素Proton-gated ion channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid / ACETATE ION / DODECANE / TRIBROMOMETHANE / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fourati, Z. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for a Bimodal Allosteric Mechanism of General Anesthetic Modulation in Pentameric Ligand-Gated Ion Channels.
著者: Fourati, Z. / Howard, R.J. / Heusser, S.A. / Hu, H. / Ruza, R.R. / Sauguet, L. / Lindahl, E. / Delarue, M.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,17054
ポリマ－187,3705
非ポリマー8,80049
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38150 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area62200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.969, 131.779, 160.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-570-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 37473.910 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8

-
非ポリマー , 8種, 449分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-PC8 / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジオクタノイルホスファチジルコリン


分子量: 510.622 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H49NO8P
#4: 化合物
ChemComp-2IL / (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid / (R)-3-(ドデカノイルオキシ)テトラデカン酸


分子量: 426.673 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O4
#5: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-MBR / TRIBROMOMETHANE / ブロモホルム


分子量: 252.731 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHBr3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM NaAct pH4 400 mM NaSCN 16% glycerol 2% DMSO 12-15 % PEG4K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 89066 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 63.24 Å2 / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9143 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.335 / SU Rfree Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 4467 5.02 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2025 89066 98.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6247 Å20 Å212.6546 Å2
2---0.4025 Å20 Å2
3---5.0273 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.419 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12708 0 495 400 13603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00913505HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0218338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1912HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13505HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1771SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15557SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 327 4.94 %
Rwork0.2632 6290 -
all0.2636 6617 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.492-0.26810.66140.4368-0.35511.61360.0371-0.04530.0788-0.0008-0.00180.0673-0.0872-0.0213-0.03530.10650.0625-0.147-0.02950.0061-0.099340.1357-6.361730.4994
21.13010.09291.41650.23370.24352.41620.015-0.0114-0.03830.0855-0.02230.1277-0.0043-0.02710.0074-0.00930.0105-0.13450.08660.0171-0.0727.989-27.728236.2198
30.63630.15060.72180.47130.27771.75040.0246-0.0385-0.1287-0.0112-0.06130.08580.0380.03330.03670.0540.0464-0.1936-0.0383-0.0329-0.04142.4309-47.272729.2368
40.51110.03230.7940.35940.15272.3340.0147-0.0247-0.0623-0.1123-0.0354-0.1345-0.02460.0350.02070.05810.0545-0.13720.0063-0.0631-0.070963.4069-37.838418.5193
50.4619-0.20430.72180.4588-0.48092.1390.0057-0.05940.0933-0.12080.0078-0.0893-0.05550.037-0.01350.1188-0.0444-0.1442-0.04280.0146-0.104962.033-12.560519.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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