PDB-5mzr: X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC in complex with propofol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mzr

タイトル

X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC in complex with propofol

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC in complex with propofol
著者: Fourati, Z. / Delarue, M.

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mzr.cif.gz	673.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mzr.ent.gz	561.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hyz-d 5mzt-d 6hz0-d 5mzq-d 4ilb-d 3tlt-d 4ila-d 6f13-d 6f0n-d 4qh4-d 6hjz-2 6f0i-d 6hy5-d 6hyw-d 4lml-d 3eam-d 3p50-d 6hja-d 6f0z-d 3ehz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

201 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.842, 132.989, 161.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 37408.879 Da / 分子数: 5 / 変異: H235Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 発現宿主: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 203分子

#2: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 分子量: 622.834 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-PFL / 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL / 2,6-DIISOPROPYLPHENOL / PROPOFOL 分子量: 178.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈O
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.11 Å³/Da
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM NaAct pH4 400 mM NaSCN 16% glycerol 2% DMSO 12-15% PEG4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 108419 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 76.05 Å² / Net I/σ(I): 9.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9352 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9203 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.234 / SU R_free Blow DPI: 0.187 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.196

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	5414	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.1922	108409	99.58 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.5799 Å²	0 Å²	16.244 Å²
2-	-	-2.4739 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.0538 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.385 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12715	0	527	161	13403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13544	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	18397	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4699	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		275	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1958	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13544	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.37
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1781	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14998	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3253	435	5.43 %
R_work	0.2776	7581	-
all	0.2803	8016	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7746	-0.2308	0.939	0.4648	-0.3174	1.9642	0.0274	-0.0925	0.0998	-0.0545	0.0341	0.038	-0.1404	-0.0996	-0.0614	0.1116	0.0468	-0.1572	-0.0657	0.0347	-0.094	40.725	-6.4185	30.4893
2	1.6173	0.089	1.8864	0.6304	0.2575	2.6634	0.0483	-0.061	-0.0763	0.0332	-0.011	0.1878	-0.0211	-0.089	-0.0373	-0.1453	-0.0075	-0.0469	0.1238	0.0253	-0.1034	28.3365	-27.6399	36.5401
3	0.8197	0.0701	0.9621	0.4909	0.4988	2.0714	0.0491	-0.021	-0.2376	-0.0079	-0.0365	0.1247	0.0846	-0.0018	-0.0127	0.0344	-0.0282	-0.2002	-0.1105	-0.0058	-0.0067	42.3325	-47.5516	29.5216
4	0.6693	0.0677	0.9262	0.3431	0.3663	2.4614	0.0421	0.0249	-0.1757	-0.1138	0.0131	-0.1383	-0.0752	0.1094	-0.0552	0.0563	0.0469	-0.1455	-0.0604	-0.0697	-0.0501	63.5565	-38.4022	18.7172
5	0.753	-0.2552	1.0108	0.5995	-0.4041	2.659	0.0181	-0.0289	0.0611	-0.1439	-0.0062	-0.17	-0.1076	0.0305	-0.0119	0.0867	-0.0732	-0.1025	-0.087	0.0338	-0.0975	62.6078	-12.9675	19.4457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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