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- PDB-6ey7: Human cytomegalovirus terminase nuclease domain, Mn soaked, inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ey7
タイトルHuman cytomegalovirus terminase nuclease domain, Mn soaked, inhibitor bound
要素UL89 HCMV terminase
キーワードVIRAL PROTEIN / Cytomegalovirus / UL89 / terminase / inhibitors / drug design / raltegravir
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-packaging terminase, C-terminal nuclease domain / Probable DNA packing protein, C-terminal / Probable DNA packing protein, N-terminal / Tripartite terminase subunit 3 / Probable DNA packing protein, C-terminal domain superfamily / Probable DNA packing protein, C-terminus / Probable DNA packing protein, N-terminus / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C3W / : / Tripartite terminase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bongarzone, S. / Nadal, M. / Kaczmarska, Z. / Machon, C. / Alvarez, M. / Albericio, F. / Coll, M.
資金援助 スペイン, ベルギー, 5件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2011-22588 スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2012-30930 スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015-67870P スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53550-P スペイン
European UnionSILVER-GA 260644 ベルギー
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2018
タイトル: Structure-Driven Discovery of alpha , gamma-Diketoacid Inhibitors Against UL89 Herpesvirus Terminase.
著者: Bongarzone, S. / Nadal, M. / Kaczmarska, Z. / Machon, C. / Alvarez, M. / Albericio, F. / Coll, M.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL89 HCMV terminase
B: UL89 HCMV terminase
C: UL89 HCMV terminase
D: UL89 HCMV terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,86919
ポリマ－127,2724
非ポリマー1,59815
水45025
1
A: UL89 HCMV terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2365
ポリマ－31,8181
非ポリマー4184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UL89 HCMV terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1814
ポリマ－31,8181
非ポリマー3633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UL89 HCMV terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2365
ポリマ－31,8181
非ポリマー4184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UL89 HCMV terminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2165
ポリマ－31,8181
非ポリマー3994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.650, 87.650, 186.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
UL89 HCMV terminase


分子量: 31817.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL89 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16732
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-C3W / 4-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]-2,4-bis(oxidanylidene)butanoic acid


分子量: 253.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12FNO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% Mes 1M pH 6.5, 6% PEG8000 and 150 mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9194, 1.240
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91941
21.241
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 30097 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.654 / Rrim(I) all: 1.03 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4P

3n4p


解像度: 2.9→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / SU R Blow DPI: 0.794 / SU Rfree Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.276
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1503 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 30080 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.478 Å20 Å20 Å2
2--5.9244 Å20 Å2
3----3.4464 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6810 0 83 25 6918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.099561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2291SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1239HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7029HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion974SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7654SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 138 4.7 %
Rwork0.2385 2799 -
all0.2389 2937 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.659-1.18430.05896.2325-0.06383.29890.1215-0.3527-0.32450.51490.02570.0740.1071-0.4257-0.1472-0.2107-0.0299-0.0482-0.13320.0111-0.1369-24.2289-46.554243.4683
24.7821-1.50220.86215.1483-0.72772.8342-0.27680.03510.4592-0.0484-0.0027-0.4129-0.1302-0.18280.2795-0.24750.03230.0057-0.2373-0.08080.0138-25.8557-17.081115.0653
34.7222-1.994-0.2044.8651.04292.3468-0.172-0.2413-0.31870.44580.01140.35170.00570.10240.1606-0.18620.0306-0.0521-0.29380.02750.0698-6.82645.926433.5686
45.5196-2.1086-0.07214.1777-0.24553.81370.04450.07670.545-0.32980.1039-0.4367-0.25720.1728-0.1484-0.2313-0.0418-0.0767-0.2597-0.03850.028821.47712.06035.1506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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