+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6exn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | SPLICING / Spliceosome / P-complex / Exon ligation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / nuclear mRNA surveillance / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome ...U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / nuclear mRNA surveillance / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / DNA replication origin binding / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Dual incision in TC-NER / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Wilkinson, M.E. / Fica, S.M. / Galej, W.P. / Norman, C.M. / Newman, A.J. / Nagai, K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Postcatalytic spliceosome structure reveals mechanism of 3'-splice site selection. 著者: Max E Wilkinson / Sebastian M Fica / Wojciech P Galej / Christine M Norman / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai / ![]() 要旨: Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during ...Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during exon ligation has remained unclear. Here we present the 3.7-angstrom cryo-electron microscopy structure of the yeast P-complex spliceosome immediately after exon ligation. The 3'-splice site AG dinucleotide is recognized through non-Watson-Crick pairing with the 5' splice site and the branch-point adenosine. After the branching reaction, protein factors work together to remodel the spliceosome and stabilize a conformation competent for 3'-splice site docking, thereby promoting exon ligation. The structure accounts for the strict conservation of the GU and AG dinucleotides at the 5' and 3' ends of introns and provides insight into the catalytic mechanism of exon ligation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 252.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 408.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 256EI
#1: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 329136699 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 57444.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1039024057 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1039023280 |
#7: RNA鎖 | 分子量: 12523.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: Transcription vector pUC18-pES2 (その他) |
#9: RNA鎖 | 分子量: 30200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: Transcription vector pUC18-pES2 (その他) / 参照: GenBank: 329136699 |
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 18種, 18分子 ACDHJLMNOPRSTVacsy
#4: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334 |
---|---|
#5: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#6: タンパク質 | 分子量: 32371.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28320 |
#8: タンパク質 | 分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 50801.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417 |
#12: タンパク質 | 分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337 |
#13: タンパク質 | 分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046 |
#14: タンパク質 | 分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241 |
#15: タンパク質 | 分子量: 67829.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654 |
#16: タンパク質 | 分子量: 19970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375 |
#18: タンパク質 | 分子量: 82560.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309 |
#19: タンパク質 | 分子量: 100356.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048 |
#20: タンパク質 | 分子量: 130187.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P24384, RNA helicase |
#24: タンパク質 | 分子量: 28414.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33411 |
#26: タンパク質 | 分子量: 44722.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02775 |
#34: タンパク質 | 分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091 |
#36: タンパク質 | 分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277 |
-タンパク質 , 3種, 4分子 KXbk
#11: タンパク質 | 分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004 |
---|---|
#22: タンパク質 | 分子量: 8102.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY
#21: タンパク質 | 分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08963 |
---|---|
#23: タンパク質 | 分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40567 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm
#27: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321 #28: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330 #29: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999 #30: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204 #31: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260 #32: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217 |
---|
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 otuvw
#33: タンパク質 | 分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968 |
---|---|
#35: タンパク質 | 分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32523, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-非ポリマー , 4種, 10分子 






#37: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#38: 化合物 | ChemComp-IHP / |
#39: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#40: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 2.2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Transcription vector pUC18-pES2 (その他) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane. |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2295 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 206529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48617 / 対称性のタイプ: POINT |