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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wsg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Catalytic Step II spliceosome / C* spliceosome / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step ...RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / nuclear mRNA surveillance / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication origin binding / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 3'-splice site recognition / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / DNA replication initiation / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA helicase / cell cycle / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
![]() | Yan, C. / Wan, R. / Bai, R. / Huang, G. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a yeast step II catalytically activated spliceosome. 著者: Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi / ![]() 要旨: Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and ...Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and releasing the intron lariat. The second reaction is executed by the step II catalytically activated spliceosome (known as the C* complex). Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a C* complex from Saccharomyces cerevisiae at an average resolution of 4.0 angstroms. Compared with the preceding spliceosomal complex (C complex), the lariat junction has been translocated by 15 to 20 angstroms to vacate space for the incoming 3'-exon sequences. The step I splicing factors Cwc25 and Yju2 have been dissociated from the active site. Two catalytic motifs from Prp8 (the 1585 loop and the β finger of the ribonuclease H-like domain), along with the step II splicing factors Prp17 and Prp18 and other surrounding proteins, are poised to assist the second transesterification. These structural features, together with those reported for other spliceosomal complexes, yield a near-complete mechanistic picture on the splicing cycle. | ||||||
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文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 15種, 15分子 ACJOQRSTZcdItef
#1: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375 |
#4: タンパク質 | 分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417 |
#6: タンパク質 | 分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241 |
#7: タンパク質 | 分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046 |
#8: タンパク質 | 分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772 |
#9: タンパク質 | 分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337 |
#10: タンパク質 | 分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333 |
#17: タンパク質 | 分子量: 60160.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654 |
#18: タンパク質 | 分子量: 64183.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309 |
#19: タンパク質 | 分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277 |
#23: タンパク質 | 分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091 |
#34: タンパク質 | 分子量: 121815.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P15938, RNA helicase |
#35: タンパク質 | 分子量: 28414.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33411 |
-タンパク質 , 3種, 4分子 PvkF
#5: タンパク質 | 分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 78040.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048 |
#24: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-RNA鎖 , 7種, 7分子 BNDELMb
#11: RNA鎖 | 分子量: 4112.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 4694.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: REF: 831416131 |
#15: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: TPG: 329136699 |
#16: RNA鎖 | 分子量: 7301.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: RNA鎖 | 分子量: 4349.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 nopqr
#21: タンパク質 | 分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 iGhHjKlUmVgW
#25: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330 #26: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999 #27: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204 #28: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321 #29: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260 #30: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217 |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 XY
#31: タンパク質 | 分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40567 |
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#32: タンパク質 | 分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08963 |
-非ポリマー , 3種, 13分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#36: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||
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#37: 化合物 | ChemComp-MG / #38: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
配列の詳細 | EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP ...EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPOND |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast Step II Catalytically Activated Spliceosome (C* spliceosome) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#40 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA |
試料 | 濃度: 0.27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27558 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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