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- PDB-6ewf: Leishmania major N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewf
タイトルLeishmania major N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / N-Myristoyltransferase / selective inhibitor / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31A / TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53517331196 Å
データ登録者Brenk, R. / Kehrein, J. / Kersten, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: How To Design Selective Ligands for Highly Conserved Binding Sites: A Case Study UsingN-Myristoyltransferases as a Model System.
著者: Kersten, C. / Fleischer, E. / Kehrein, J. / Borek, C. / Jaenicke, E. / Sotriffer, C. / Brenk, R.
履歴
登録2017年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8593
ポリマ－50,5131
非ポリマー1,3452
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.390, 90.220, 52.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.905, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 50513.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: NMT, LMJF_32_0080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4Q5S8, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-31A / N-[2-(3-methoxyphenyl)ethanimidoyl]-2-piperidin-4-yloxy-benzamide


分子量: 367.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 1500 25 % Sodium chloride 0.2 M Sodium cacodylate 0.1 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.535→48.738 Å / Num. obs: 59058 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.9124762709 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.535→1.562 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2944 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.468 / Rrim(I) all: 0.67 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7data processing
PHASER2.8.0位相決定
Coot0.8.2モデル構築
PHENIX1.12_2829精密化
XDSBUILT=20170615データ削減
XSCALEBUILT=20170615データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H5Z

3h5z


解像度: 1.53517331196→48.7375284157 Å / SU ML: 0.159851328862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34348286107 / 位相誤差: 19.8399868833
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194393836774 2934 4.9682499365 %
Rwork0.169481692218 --
obs0.170764560134 59055 98.770697441 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.7235764534 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53517331196→48.7375284157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 90 214 3658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01606101188953573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.443821468534871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0873930029244511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01018301489623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.787570142072953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5352-1.56030.2732011621791330.2354612829312675X-RAY DIFFRACTION99.1525423729
1.5603-1.58720.2190767300481330.2283281377232676X-RAY DIFFRACTION99.0828924162
1.5872-1.61610.2736309856981320.2235163358532658X-RAY DIFFRACTION99.2176386913
1.6161-1.64720.2583552297031510.2079098142892679X-RAY DIFFRACTION99.1590749825
1.6472-1.68080.2238406120711500.198010874362666X-RAY DIFFRACTION98.6685353889
1.6808-1.71740.2368981215341370.1961991672622666X-RAY DIFFRACTION99.5383522727
1.7174-1.75730.2488520529781240.1900031489662696X-RAY DIFFRACTION99.6466431095
1.7573-1.80130.2095377505091570.178377648972710X-RAY DIFFRACTION99.6524157108
1.8013-1.850.199013533341310.1681895994242683X-RAY DIFFRACTION99.3293328627
1.85-1.90440.2213119361751340.1624860613952683X-RAY DIFFRACTION99.6462681288
1.9044-1.96590.1843498363591270.1665132425482678X-RAY DIFFRACTION99.1166077739
1.9659-2.03620.2151371276981520.1613011009222682X-RAY DIFFRACTION99.2992291521
2.0362-2.11770.1774010928991300.1586493663642690X-RAY DIFFRACTION99.1561181435
2.1177-2.21410.1956008612831450.1625854557242674X-RAY DIFFRACTION98.3600837404
2.2141-2.33080.1794911288261590.1675640774052618X-RAY DIFFRACTION98.475177305
2.3308-2.47680.1989902876391470.1727093648212674X-RAY DIFFRACTION98.7399369968
2.4768-2.6680.2069506249251430.1757785411572672X-RAY DIFFRACTION98.6334968465
2.668-2.93650.1870994286681410.1752533973232663X-RAY DIFFRACTION98.007689619
2.9365-3.36130.1873873438781310.1655859537722633X-RAY DIFFRACTION97.2212451636
3.3613-4.23450.1604423273081270.1510080354352672X-RAY DIFFRACTION97.1537660535
4.2345-48.76210.1867548876181500.1619641781042673X-RAY DIFFRACTION97.0770288858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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