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万見
- PDB-3h5z: Crystal Structure of Leishmania major N-myristoyltransferase with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h5z
タイトルCrystal Structure of Leishmania major N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / N-myristoyltransferase / NMT / Leishmania major / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Qiu, W. / Hutchinson, A. / Lin, Y.-H. / Wernimont, A. / Mackenzie, F. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. ...Qiu, W. / Hutchinson, A. / Lin, Y.-H. / Wernimont, A. / Mackenzie, F. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Fairlamb, A.H. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: N-myristoyltransferase inhibitors as new leads to treat sleeping sickness.
著者: Frearson, J.A. / Brand, S. / McElroy, S.P. / Cleghorn, L.A. / Smid, O. / Stojanovski, L. / Price, H.P. / Guther, M.L. / Torrie, L.S. / Robinson, D.A. / Hallyburton, I. / Mpamhanga, C.P. / ...著者: Frearson, J.A. / Brand, S. / McElroy, S.P. / Cleghorn, L.A. / Smid, O. / Stojanovski, L. / Price, H.P. / Guther, M.L. / Torrie, L.S. / Robinson, D.A. / Hallyburton, I. / Mpamhanga, C.P. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Hodgkinson, M. / Hui, R. / Qiu, W. / Raimi, O.G. / van Aalten, D.M. / Brenk, R. / Gilbert, I.H. / Read, K.D. / Fairlamb, A.H. / Ferguson, M.A. / Smith, D.F. / Wyatt, P.G.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,55314
ポリマ－50,5131
非ポリマー1,04013
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.816, 91.549, 53.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 50513.254 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF32.0080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4Q5S8, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25.9% PEG1500, 0.2M NaCl, 0.1M NaCacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 69213 / Num. obs: 68305 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 6433 / Rsym value: 0.777 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2P6E

2p6e


解像度: 1.49→39.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.613 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21958 3454 5.1 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1887 64818 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→39.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 78 365 3797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0223593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.9724908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3615430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67823.714175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92615577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2470.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.461.52105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29423436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.29531488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8484.51464
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.531 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 225 -
Rwork0.315 4157 -
obs--86.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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