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- PDB-6ew3: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with ML302F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ew3
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with ML302F
要素Metallo-beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE / metal binding / ANTIBIOTIC RESISTANCE / xchem / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-S3C / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Collins, P.M. / Brem, J. / McDonough, M.A. / van Berkel, S.S. / von Delft, F. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure activity relationship studies on rhodanines and derived enethiol inhibitors of metallo-beta-lactamases.
著者: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. ...著者: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2017年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
B: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,02519
ポリマ－49,5332
非ポリマー1,49217
水4,612256
1
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4959
ポリマ－24,7671
非ポリマー7288
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,53010
ポリマ－24,7671
非ポリマー7649
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.480, 78.910, 67.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-696-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-2


分子量: 24766.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MEN9

-
非ポリマー , 6種, 273分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-S3C / (2Z)-2-sulfanyl-3-(2,3,6-trichlorophenyl)prop-2-enoic acid / (Z)-2-メルカプト-3-(2,3,6-トリクロロフェニル)アクリル酸


分子量: 283.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5Cl3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1mM TCEP, 10mM ML302, 50mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1M magnesium formate, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→51.32 Å / Num. obs: 22190 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1632 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 0.707 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZ3

4bz3


解像度: 2.14→51.312 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 1107 4.99 %
Rwork0.1691 --
obs0.1711 22188 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.79 Å2 / Biso mean: 26.9173 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→51.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 0 65 256 3803
Biso mean--32.69 32.04 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5415165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0982200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.14-2.23740.27921660.22462604277098
2.2374-2.35540.27511380.20772475261393
2.3554-2.5030.23271400.18552649278998
2.503-2.69620.20821320.170226782810100
2.6962-2.96750.19651210.16626862807100
2.9675-3.39680.21791270.15492675280299
3.3968-4.27930.18171540.14172610276498
4.2793-51.3270.18531290.17172704283398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38830.3109-0.16511.37561.10571.57310.0972-0.5328-0.23560.44620.5561-0.20420.29750.66390.21640.36490.094-0.03540.32940.12710.3025-14.28650.350367.6086
20.49590.18150.15140.50150.13290.22460.2126-0.2421-0.18990.2798-0.0245-0.21180.02880.07320.02690.18970.0115-0.02750.17820.01690.2838-12.80474.723861.7956
30.2753-0.07560.32550.1720.05910.56910.06370.01590.04060.1474-0.0177-0.0645-0.12260.00560.00010.1538-0.0199-0.02920.1570.01480.1952-12.079310.534957.9082
40.67770.0995-0.35610.81110.53390.61340.0484-0.08390.05550.01070.0054-0.0329-0.0642-0.02940.00040.1017-0.01780.00070.1064-0.01070.1143-17.598817.13958.1002
50.65840.0280.5810.78660.57360.76750.07440.03290.0124-0.3046-0.0905-0.03-0.19550.0349-0.00150.1831-0.01580.00550.15720.00820.1656-17.589312.024645.9214
60.64630.1139-0.24660.22630.49462.2906-0.1016-0.1503-0.0391-0.0597-0.159-0.00160.3963-0.3178-0.30940.1669-0.0050.00150.177-0.01830.2003-27.562-1.667753.2441
70.9397-0.6827-0.1091.898-0.62610.92480.31830.4323-0.2281-0.7073-0.01760.2546-0.0211-0.12260.23830.17020.0098-0.01920.1699-0.04490.1795-22.93151.48239.4544
80.77520.37680.42610.76990.44380.32190.24670.1922-0.08350.2351-0.0412-0.36690.34170.05470.19240.15350.04980.04520.2313-0.01220.2122-13.1003-0.830749.7108
90.06750.05140.00610.17720.02630.2347-0.0542-0.12180.09070.0408-0.03570.08860.1867-0.073400.1829-0.01210.01950.1881-0.0240.1787-27.4873-6.319346.6577
100.6698-0.59390.28330.6148-0.42310.5662-0.5395-0.31410.2648-0.01730.2674-0.6874-0.5050.4888-0.05980.3234-0.1130.05660.333-0.08420.3674-24.016-4.485178.9542
110.5587-0.20160.22490.53520.04110.1738-0.33080.09590.01430.1045-0.1513-0.15050.076-0.20560.00030.1773-0.0245-0.02110.184-0.01310.1949-29.876-9.099681.2128
121.3989-0.0550.47850.77310.05090.88370.0067-0.0077-0.0451-0.0056-0.0258-0.06590.05910.070600.16380.00140.00090.13730.01810.1476-32.7764-19.571278.1986
130.60850.13250.16390.59940.16530.1243-0.01260.0524-0.13960.0017-0.01260.2722-0.0308-0.0174-0.00020.18920.01290.02930.16990.02060.1872-46.4509-19.853675.513
140.7459-0.40990.17530.4059-0.13080.0479-0.00030.01780.03520.06750.02720.0049-0.04040.095-00.1903-0.01780.00210.1472-0.00420.1368-41.7127-6.561674.7769
150.72460.1068-0.78170.5149-0.01971.6309-0.03020.29980.0003-0.10940.01970.33410.073-0.5879-0.12530.17470.0335-0.01310.21690.02030.2049-52.8669-6.651572.5795
160.1326-0.29280.02871.05850.11180.0425-0.0348-0.2481-0.13140.365-0.0788-0.1702-0.3704-0.2264-0.08370.22870.02440.03910.2063-0.03230.1082-42.0722-4.292882.6301
170.52680.11810.08940.35880.06220.1311-0.03330.10670.21850.0058-0.0848-0.2942-0.25890.2665-0.00560.2140.01730.02040.14940.00530.2009-46.67621.573669.234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 44 )A32 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 64 )A45 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 88 )A65 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 146 )A89 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 147 through 199 )A147 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 215 )A200 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 216 through 229 )A216 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 245 )A230 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 246 through 263 )A246 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 44 )B32 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 45 through 64 )B45 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 65 through 146 )B65 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 147 through 183 )B147 - 183
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 184 through 215 )B184 - 215
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 216 through 229 )B216 - 229
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 230 through 245 )B230 - 245
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 246 through 262 )B246 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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