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- PDB-6ew1: Crystal structure of the Filamin A Ig-like domains 3-5 mutant P637Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ew1
タイトルCrystal structure of the Filamin A Ig-like domains 3-5 mutant P637Q
要素Filamin-A
キーワードCELL ADHESION / Actin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / formation of radial glial scaffolds / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation ...regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / formation of radial glial scaffolds / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation / actin crosslink formation / blood coagulation, intrinsic pathway / protein localization to bicellular tight junction / OAS antiviral response / positive regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of neuron migration / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Cell-extracellular matrix interactions / early endosome to late endosome transport / apical dendrite / Fc-gamma receptor I complex binding / cell-cell junction organization / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of platelet activation / protein localization to cell surface / wound healing, spreading of cells / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / cortical cytoskeleton / positive regulation of axon regeneration / receptor clustering / SMAD binding / RHO GTPases activate PAKs / actin filament bundle / brush border / semaphorin-plexin signaling pathway / mitotic spindle assembly / cilium assembly / potassium channel regulator activity / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / axonal growth cone / heart morphogenesis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cell migration / dendritic shaft / protein localization to plasma membrane / G protein-coupled receptor binding / actin filament / protein kinase C binding / synapse organization / mRNA transcription by RNA polymerase II / establishment of protein localization / trans-Golgi network / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cerebral cortex development / small GTPase binding / kinase binding / platelet aggregation / Z disc / positive regulation of protein import into nucleus / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / Platelet degranulation / GTPase binding / negative regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton organization / postsynapse / perikaryon / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / protein stabilization / cadherin binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3070081803 Å
データ登録者Haataja, T.J.K. / Pentikainen, U.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland283481 フィンランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Non-syndromic Mitral Valve Dysplasia Mutation Changes the Force Resilience and Interaction of Human Filamin A.
著者: Tatu J K Haataja / Rafael C Bernardi / Simon Lecointe / Romain Capoulade / Jean Merot / Ulla Pentikäinen /
要旨: Filamin A (FLNa), expressed in endocardial endothelia during fetal valve morphogenesis, is key in cardiac development. Missense mutations in FLNa cause non-syndromic mitral valve dysplasia (FLNA-MVD). ...Filamin A (FLNa), expressed in endocardial endothelia during fetal valve morphogenesis, is key in cardiac development. Missense mutations in FLNa cause non-syndromic mitral valve dysplasia (FLNA-MVD). Here, we aimed to reveal the currently unknown underlying molecular mechanism behind FLNA-MVD caused by the FLNa P637Q mutation. The solved crystal structure of the FLNa3-5 P637Q revealed that this mutation causes only minor structural changes close to mutation site. These changes were observed to significantly affect FLNa's ability to transmit cellular force and to interact with its binding partner. The performed steered molecular dynamics simulations showed that significantly lower forces are needed to split domains 4 and 5 in FLNA-MVD than with wild-type FLNa. The P637Q mutation was also observed to interfere with FLNa's interactions with the protein tyrosine phosphatase PTPN12. Our results provide a crucial step toward understanding the molecular bases behind FLNA-MVD, which is critical for the development of drug-based therapeutics.
履歴
登録2017年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0501
ポリマ－31,0501
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, The ab initio model of the protein is in good agreement with the obtained crystal structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.721, 60.721, 163.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Filamin-A / FLN-A / Actin-binding protein 280 / ABP-280 / Alpha-filamin / Endothelial actin-binding protein / ...FLN-A / Actin-binding protein 280 / ABP-280 / Alpha-filamin / Endothelial actin-binding protein / Filamin-1 / Non-muscle filamin


分子量: 31049.963 Da / 分子数: 1 / 変異: P637Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNA, FLN, FLN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21333
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M ammonium citrate, 18 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.81 Å / Num. obs: 14953 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 45.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 36.96
反射 シェル解像度: 2.31→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. measured obs: 26398 / Num. unique all: 2188 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.308 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2313-000精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M9P

4m9p


解像度: 2.3070081803→37.8064654662 Å / SU ML: 0.349809960694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.40559062127 / 位相誤差: 30.1292298193
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273389216854 762 5.0963081862 %
Rwork0.244538815652 --
obs0.245907158772 14952 99.7930988454 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3070081803→37.8064654662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 0 53 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003113118092682213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6372366846312995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0502412202773315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0050270533558402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.82764962471320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.307-2.48510.3561179219571860.3266597668372788X-RAY DIFFRACTION99.2656875834
2.4851-2.73510.363834884061330.326848393822856X-RAY DIFFRACTION100
2.7351-3.13070.322093646421740.3004666121292813X-RAY DIFFRACTION99.9665327979
3.1307-3.94370.2659800487831200.241026232932863X-RAY DIFFRACTION99.8326639893
3.9437-37.81150.2209907686291490.1976310559372870X-RAY DIFFRACTION99.9007279947
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0707712202-3.582234237343.68500388485.64684532097-4.673726619348.04529940341-0.05350912239190.568431694345-0.02245988126840.118714317912-0.1247304457930.0596084083591-1.168793195280.652780244930.01435455434560.438828666236-0.0803905316633-0.01853470506830.269802146661-0.01571285992520.351903307836128.38123521761.3862678497-14.1737945416
21.605950322360.2701961267252.99775416270.261001138209-0.2319488300969.24891401908-0.639952793096-0.3708945491490.3392480996220.6307869465050.247071644965-0.230327587031-1.35674025776-0.447758281080.3809412184580.6613602438580.0474117753489-0.07964409347070.265532063167-0.0137949165090.447332950198129.71905848560.2543678427-4.18471754055
38.681613220313.73610337159-2.250322532265.257017358282.130992016376.0612362588-0.227253288052-0.4849980588360.446541912359-0.002010158253070.01047137401630.4095616149810.95645877587-0.1387477944530.2402509424960.641302056008-0.0991501183259-0.08782844537920.286292322804-0.03047906369450.434126931357128.54489784945.2700690876.13910984081
49.183709454622.44306719543-2.237046854473.56287641796-0.3767037644735.06344775162-0.628916136794-0.1678874737880.574151317333-0.3715714416340.4540136611420.05849796887650.610670561405-0.4744685585290.1567195343850.763038403963-0.149587204339-0.2082305628030.2980588276460.08847390968660.505560446054128.83070622447.47200253163.0484133114
51.47545320774-0.172791944554-0.9402493290876.715567265830.9364033366390.7033624821430.01202459645290.388111749603-1.76531166921-0.931185286698-0.2780423319912.283086462261.70892772451-0.58300784158-1.498178153761.91490218541-0.6873813544740.2975203102930.764349779552-0.3984025818321.08489175792124.00621537727.877271163-7.25426018146
65.43145547522-2.41527564623-4.025092174215.41787887346-0.7785639951766.27714604098-1.98052165542-0.379643519567-1.263118262970.6363614681480.618690850419-0.1996365956033.16112491462-0.08063867353540.05437519821262.016845997190.07623718899970.5121596571120.5200064321390.01278389099460.822627381674139.14633009924.7399427795-4.09725052354
76.17505080799-1.40104750262-4.748361661013.038354869391.61093040976.82185373072-1.07438658828-0.0764523391627-0.9844429057631.099641937980.427184930399-0.0669947048012.602911441250.5369663199750.4893945100231.327055176070.1429011678470.2389657923840.455565726875-0.04236476286440.516342067732140.53217573731.9360506432-2.99901492975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 476 through 547 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 548 through 586 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 587 through 624 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 625 through 664 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 665 through 679 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 680 through 706 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 707 through 763 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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