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万見
- PDB-6eu6: Sensor Amt Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eu6
タイトルSensor Amt Protein
要素Ammonium transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ammonium transporter / Signalling / histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain ...Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Pflueger, T. / Hernandez, C. / Andrade, S.L.A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationAN-676/3 ドイツ
German Research FoundationAN-676/4 ドイツ
German Research FoundationRTG 2202 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Signaling ammonium across membranes through an ammonium sensor histidine kinase.
著者: Tobias Pflüger / Camila F Hernández / Philipp Lewe / Fabian Frank / Haydyn Mertens / Dmitri Svergun / Manfred W Baumstark / Vladimir Y Lunin / Mike S M Jetten / Susana L A Andrade /
要旨: Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report ...Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report on the structure and function of an ammonium sensor/transducer from the anammox bacterium "Candidatus Kuenenia stuttgartiensis" that combines a membrane-integral ammonium transporter domain with a fused histidine kinase. It contains a high-affinity ammonium binding site not present in assimilatory Amt proteins. The levels of phosphorylated histidine in the kinase are coupled to the presence of ammonium, as conformational changes during signal recognition by the Amt module are transduced internally to modulate the kinase activity. The structural analysis of this ammonium sensor by X-ray crystallography and small-angle X-ray-scattering reveals a flexible, bipartite system that recruits a large uptake transporter as a sensory module and modulates its functionality to achieve a mechanistic coupling to a kinase domain in order to trigger downstream signaling events.
履歴
登録2017年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9658
ポリマ－43,4641
非ポリマー1,5027
水1,874104
1
A: Ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,89624
ポリマ－130,3913
非ポリマー4,50521
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area17640 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.745, 99.745, 89.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ammonium transporter


分子量: 43463.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
遺伝子: amtb, kuste3690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q1Q357

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-ZDM / nonyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / nonyl-beta-D-maltoside / ノニルβ-マルトシド


タイプ: saccharide / 分子量: 468.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H40O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MES/NaOH pH 7.0 24 % (w/v) of polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→86.38 Å / Num. obs: 33401 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.461 / Num. unique obs: 2466 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.469 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B2H

2b2h


解像度: 1.98→86.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.27 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1845 1694 4.8 %RANDOM
Rwork0.15203 ---
obs0.15356 33401 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.98→86.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 0 96 104 3267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9641.9684408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02137280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.245406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25323.077117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91315496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0793.4021624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.083.3991623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9395.0812030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9395.0842031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7864.0281624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7794.0241621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7985.8332373
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.28329.1133962
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.27429.0633941
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 131 -
Rwork0.257 2466 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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