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万見
- SASDCQ9: Ks-Amt5-HK (+10uM ATP) (Ammonium transporter histidine kinase dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCQ9
試料Ks-Amt5-HK (+10uM ATP)
  • Ammonium transporter histidine kinase domain (protein), Ks-Amt5-HK, Candidatus Kuenenia stuttgartiensis
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium channel activity / phosphorelay sensor kinase activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain ...Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Signaling ammonium across membranes through an ammonium sensor histidine kinase.
著者: Tobias Pflüger / Camila F Hernández / Philipp Lewe / Fabian Frank / Haydyn Mertens / Dmitri Svergun / Manfred W Baumstark / Vladimir Y Lunin / Mike S M Jetten / Susana L A Andrade /
要旨: Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report ...Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report on the structure and function of an ammonium sensor/transducer from the anammox bacterium "Candidatus Kuenenia stuttgartiensis" that combines a membrane-integral ammonium transporter domain with a fused histidine kinase. It contains a high-affinity ammonium binding site not present in assimilatory Amt proteins. The levels of phosphorylated histidine in the kinase are coupled to the presence of ammonium, as conformational changes during signal recognition by the Amt module are transduced internally to modulate the kinase activity. The structural analysis of this ammonium sensor by X-ray crystallography and small-angle X-ray-scattering reveals a flexible, bipartite system that recruits a large uptake transporter as a sensory module and modulates its functionality to achieve a mechanistic coupling to a kinase domain in order to trigger downstream signaling events.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: Ks-Amt5-HK (+10uM ATP) / 試料濃度: 1.00-5.00
バッファ名称: 20 mM Tris/HCl,100 mM NaCl, 5%(w/v) glycerol / pH: 8
要素 #910名称: Ks-Amt5-HK / タイプ: protein / 記述: Ammonium transporter histidine kinase domain / 分子量: 30.031 / 分子数: 1 / 由来: Candidatus Kuenenia stuttgartiensis / 参照: UniProt: Q1Q357
配列: FIRITRLQDI NTILEKRVQE KTADLQMANV ALEKANRLKS EFLTTMSAEL RTPLNAIIGF AEVLRDEIAG SLSKDQKEYV TDIHSSGHHL LDMINNILDL SKIETGKMHL QYEEFCIEDA INDTLTIINA SANNKGISVH TNIQDNTPLL SADKTKFRQI LYNLLSNAVK ...配列:
FIRITRLQDI NTILEKRVQE KTADLQMANV ALEKANRLKS EFLTTMSAEL RTPLNAIIGF AEVLRDEIAG SLSKDQKEYV TDIHSSGHHL LDMINNILDL SKIETGKMHL QYEEFCIEDA INDTLTIINA SANNKGISVH TNIQDNTPLL SADKTKFRQI LYNLLSNAVK FTPENGKITI NVFQKDNSLQ FEIVDTGIGI KPEDKEKLFE AFHQADASLT REYEGTGLGL HLTKRLVELH GGKIWAESTF GKGSTFFFIL PINPVNK

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Ks-Amt5-HK (+10uM ATP) / 測定日: 2013年3月2日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1689 4.423
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1198 /
MinMax
Q0.174163 3.35148
P(R) point1 1198
R0 7.7
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量28.6 kDa28.6 kDa3 31 kDa
体積---53 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01801 6 1795 7
慣性半径, Rg 2.2 nm0.1 2.2 nm0.1

MinMaxError
D-7.7 0.5
Guinier point3 161 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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