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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDCM9 |
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試料 | Ammonium transporter Ks-Amt5
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 |
生物種 | Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) |
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Signaling ammonium across membranes through an ammonium sensor histidine kinase. 著者: Tobias Pflüger / Camila F Hernández / Philipp Lewe / Fabian Frank / Haydyn Mertens / Dmitri Svergun / Manfred W Baumstark / Vladimir Y Lunin / Mike S M Jetten / Susana L A Andrade / 要旨: Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report ...Sensing and uptake of external ammonium is essential for anaerobic ammonium-oxidizing (anammox) bacteria, and is typically the domain of the ubiquitous Amt/Rh ammonium transporters. Here, we report on the structure and function of an ammonium sensor/transducer from the anammox bacterium "Candidatus Kuenenia stuttgartiensis" that combines a membrane-integral ammonium transporter domain with a fused histidine kinase. It contains a high-affinity ammonium binding site not present in assimilatory Amt proteins. The levels of phosphorylated histidine in the kinase are coupled to the presence of ammonium, as conformational changes during signal recognition by the Amt module are transduced internally to modulate the kinase activity. The structural analysis of this ammonium sensor by X-ray crystallography and small-angle X-ray-scattering reveals a flexible, bipartite system that recruits a large uptake transporter as a sensory module and modulates its functionality to achieve a mechanistic coupling to a kinase domain in order to trigger downstream signaling events. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #2245 | タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P3 / カイ2乗値: 1.649 / P-value: 0.000496 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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-試料
試料 | 名称: Ammonium transporter Ks-Amt5 / 試料濃度: 10 mg/ml |
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バッファ | 名称: 20 mM Tris/HCl,100 mM NaCl, 5%(w/v) glycerol, 0.09%(w/v) CYMAL-5 pH: 8 |
要素 #909 | 名称: Ks-Amt5 / タイプ: protein / 記述: ammonium sensor/transducer / 分子量: 75.514 / 分子数: 3 / 由来: Candidatus Kuenenia stuttgartiensis / 参照: UniProt: Q1Q357 配列: MENIQININH LWVIMAACMV FLMQLGFTSY ETGFSQSKNA ISIALRNLVD TLISSLVFFS VGFGFMFGKS YMGLIGIDLF FANDLALHPN TLSYSFFFFQ MVFASTAATI LTGAIAERSG FIPNIAGTAF IVAIIYPIFG HWAWGNLFSP DQTGWLKELG FIDFAGATVV ...配列: MENIQININH LWVIMAACMV FLMQLGFTSY ETGFSQSKNA ISIALRNLVD TLISSLVFFS VGFGFMFGKS YMGLIGIDLF FANDLALHPN TLSYSFFFFQ MVFASTAATI LTGAIAERSG FIPNIAGTAF IVAIIYPIFG HWAWGNLFSP DQTGWLKELG FIDFAGATVV HSIGGWFAMA AAIMVGPRID KYNPDGSSNR IGLHNVPLAT LGTFFLWFGW FGFNGGSLLR VSVNIGLVIL NTNMAAASAG VSALIFIYAT RKRIEAGSLF TAILAGLVAI TASSNMVTPV SAVAIGLITG ILAIIAEGFI EKTLKIDDPV SAIAVHGVGG VIGTLCVAIF AQKSYLLAEN GSRMHQLGIQ ALGVIVAFSW SFGLGMLFFL CLKKVKRLRV TPEEEKRGLN VAEYEDVASW LDFIRITRLQ DINTILEKRV QEKTADLQMA NVALEKANRL KSEFLTTMSH ELRTPLNAII GFAEVLRDEI AGSLSKDQKE YVTDIHSSGH HLLDMINNIL DLSKIETGKM HLQYEEFCIE DAINDTLTII NASANNKGIS VHTNIQDNTP LLSADKTKFR QILYNLLSNA VKFTPENGKI TINVFQKDNS LQFEIVDTGI GIKPEDKEKL FEAFHQADAS LTREYEGTGL GLHLTKRLVE LHGGKIWAES TFGKGSTFFF ILPINPVNKL EHHHHHH |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: Ammonium transporter Ks-Amt5 (SEC) / 測定日: 2013年3月1日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 750 /
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結果 | カーブのタイプ: sec / コメント: MW estimate from excluded volume (DAMMIN) /
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