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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5aex | ||||||
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Title | Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Mep2 | ||||||
![]() | AMMONIUM TRANSPORTER MEP2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / ammonium transmembrane transport => GO:0072488 / pseudohyphal growth / nitrogen utilization / ammonium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rutherford, J.C. / Chembath, A. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Mep2 Ammonium Transceptor Activation by Phosphorylation. Authors: Van Den Berg, B. / Chembath, A. / Jefferies, D. / Basle, A. / Khalid, S. / Rutherford, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 539.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 603.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 131.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 179.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5aezC ![]() 5af1C ![]() 5ah3C ![]() 5aidC ![]() 5fufC ![]() 2b2jS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54267.148 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: W303 DELTA PEP4 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 65 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 0.1 M MES PH 6.0, 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC 30% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→49 Å / Num. obs: 111848 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 90.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.25 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2B2J Resolution: 3.2→49.276 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→49.276 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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