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万見
- PDB-6es2: Structure of CDX2-DNA(CAA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6es2
タイトルStructure of CDX2-DNA(CAA)
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein CDX-2ホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / homeodomain transcription factor / CDX2-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intestinal epithelial cell differentiation / regulation of somitogenesis / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / methyl-CpG binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance ...intestinal epithelial cell differentiation / regulation of somitogenesis / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / methyl-CpG binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance / transcription repressor complex / condensed nuclear chromosome / 細胞分化 / positive regulation of cell differentiation / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス ...Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein CDX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima.
著者: Morgunova, E. / Yin, Y. / Das, P.K. / Jolma, A. / Zhu, F. / Popov, A. / Xu, Y. / Nilsson, L. / Taipale, J.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-2
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
L: Homeobox protein CDX-2
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8536
ポリマ－39,8536
非ポリマー00
水18010
1
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-2
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9263
ポリマ－19,9263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
L: Homeobox protein CDX-2
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9263
ポリマ－19,9263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.248, 46.695, 128.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12K
22L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 36
2010B1 - 36
1020K187 - 254
2020L187 - 254

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5454.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Homeobox protein CDX-2 / ホメオボックス / CDX-3 / Caudal-type homeobox protein 2


分子量: 8896.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDX2, CDX3 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99626
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5575.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 27 % PME 5000, 0.15M potassium chloride, 0.1M magnesium chloride, 8% PEG 400, 0.05M TRIS buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→66.19 Å / Num. obs: 8494 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.95-3.133.20.8312640.6110.5390.99390.5
8.86-55.962.80.0383410.9980.0270.04797.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTY

5lty


解像度: 2.95→66.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 53.863 / SU ML: 0.427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.431
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2439 418 4.9 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2103 8076 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.74 Å2 / Biso mean: 98.684 Å2 / Biso min: 57.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-3.27 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→66.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 1476 0 10 2722
Biso mean---69.9 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0142915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9181.4844220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.48834781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8985140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21722.63276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.91515277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0841519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02631
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A7114
12B7114
21K4658
22L4658
LS精密化 シェル解像度: 2.953→3.029 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.594 30 -
Rwork0.447 469 -
all-499 -
obs--80.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0269-3.3912-1.1452.74910.36451.72330.16710.83080.3599-0.3666-0.3174-0.2572-0.1052-0.40620.15030.70570.1852-0.08520.4404-0.03150.771-16.5746-20.3249-20.5073
21.921.0674-1.04223.75-0.22634.55020.2044-0.1166-0.0796-0.1674-0.3160.06410.3293-0.05780.11160.26670.1741-0.09340.3015-0.07080.6783-14.4199-24.5005-8.6993
35.3952.56130.00261.3731-0.18541.60780.0893-0.7146-0.28240.303-0.2761-0.08870.1248-0.41390.18680.7414-0.20420.08770.4143-0.0170.7842-17.1787-21.894419.9231
42.2356-1.7871-0.32881.70230.58081.48350.02910.2182-0.11530.1497-0.28160.1651-0.19560.06190.25260.2421-0.15360.01050.1316-0.09220.5415-15.1249-17.37838.3954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1D19 - 36
3X-RAY DIFFRACTION2K187 - 256
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION3E19 - 36
6X-RAY DIFFRACTION4L186 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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