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- PDB-6lnr: Structure of intact chitinase with hevein domain from the plant S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lnr
タイトルStructure of intact chitinase with hevein domain from the plant Simarouba glauca, known for its traditional anti-inflammatory efficacy
要素Class-1 chitinase
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Hevein
生物種Simarouba glauca (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者KanalElamparithi, B. / Ramya, K.S. / Ankur, T. / Radha, A. / Gunasekaran, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structure of intact chitinase with hevein domain from the plant Simarouba glauca, known for its traditional anti-inflammatory efficacy.
著者: Balu, K.E. / Ramya, K.S. / Radha, A. / Krishnasamy, G.
履歴
登録2020年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class-1 chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0258
ポリマ－31,6151
非ポリマー1,4107
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.811, 84.811, 100.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-512-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Class-1 chitinase


分子量: 31614.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Simarouba glauca (植物)

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(3-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4[DGlcpNAcb3-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+3)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 406分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris (pH-8.5), 200mM Magnesium Chloride and 20%PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日 / 詳細: Cilindrical Mirror with 50 nm Pt-coating
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.659→41.482 Å / Num. obs: 49928 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.69 % / Biso Wilson estimate: 18.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 7006 / CC1/2: 0.776 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MST

4mst


解像度: 1.66→36.72 Å / SU ML: 0.1772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.8709
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 1987 3.98 %
Rwork0.1733 47937 -
obs0.1741 49924 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 89 401 2702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01892411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38883284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1173367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.70.25711400.23913357X-RAY DIFFRACTION98.67
1.7-1.750.26591360.21773366X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.24361440.18983410X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.860.19711380.18233355X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.920.23231410.1883407X-RAY DIFFRACTION100
1.92-20.21571450.18353409X-RAY DIFFRACTION100
2-2.090.19131360.18423388X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.20.18821430.17623396X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.340.18741390.16763431X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.520.20631450.17373408X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.770.18121430.16923451X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.170.20921420.17873440X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.17981450.16013484X-RAY DIFFRACTION100
4-36.720.16231500.15943635X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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