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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zfm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain After Mg Release | ||||||
![]() | Kinesin-like protein KIF1A, Kinesin heavy chain isoform 5C | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / kinesin / Alpha and Beta Protein / Enzyme / ATPase / P-loop / Motor Protein / ATP-binding / Coiled coil / Microtubule / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() distal axon / protein transport along microtubule / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport ...distal axon / protein transport along microtubule / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / apolipoprotein receptor binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine development / intracellular mRNA localization / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / motor neuron axon guidance / postsynaptic cytosol / ciliary rootlet / microtubule motor activity / kinesin complex / synaptic vesicle transport / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / mRNA transport / axonal growth cone / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / axon guidance / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / synaptic vesicle / presynapse / mitotic cell cycle / postsynapse / microtubule binding / microtubule / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nitta, R. / Okada, Y. / Hirokawa, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural model for strain-dependent microtubule activation of Mg-ADP release from kinesin. 著者: Nitta, R. / Okada, Y. / Hirokawa, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 790.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 802.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41128.215 Da / 分子数: 1 / 断片: KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES RESIDUES 1-355 OF Kinesin-like protein KIF1A, AND RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C, AND C-TERMINAL TAIL WITH SEQUENCE HHHHH 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 16786 / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I5S 解像度: 2.31→33.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 297463.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.5287 Å2 / ksol: 0.334854 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→33.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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