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- PDB-2zfm: Crystal Structure of the Kif1A Motor Domain After Mg Release -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zfm
タイトルCrystal Structure of the Kif1A Motor Domain After Mg Release
要素Kinesin-like protein KIF1A, Kinesin heavy chain isoform 5C
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / kinesin (キネシン) / Alpha and Beta Protein / Enzyme (酵素) / ATPase (ATPアーゼ) / P-loop (Walkerモチーフ) / Motor Protein (モータータンパク質) / ATP-binding / Coiled coil (コイルドコイル) / Microtubule (微小管) / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / protein transport along microtubule / neuronal dense core vesicle membrane / interkinetic nuclear migration / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / retrograde neuronal dense core vesicle transport / Kinesins ...distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / protein transport along microtubule / neuronal dense core vesicle membrane / interkinetic nuclear migration / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / retrograde neuronal dense core vesicle transport / Kinesins / regulation of dendritic spine development / anterograde axonal protein transport / intracellular mRNA localization / apolipoprotein receptor binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / motor neuron axon guidance / postsynaptic cytosol / 繊毛 / kinesin complex / synaptic vesicle transport / microtubule motor activity / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / mRNA transport / axonal growth cone / axon cytoplasm / vesicle-mediated transport / dendrite cytoplasm / 軸索誘導 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / シナプス小胞 / presynapse / microtubule binding / postsynapse / 微小管 / neuron projection / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / キネシン ...: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / キネシン / Kinesin-like protein / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin heavy chain isoform 5C / Kinesin-like protein KIF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Nitta, R. / Okada, Y. / Hirokawa, N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural model for strain-dependent microtubule activation of Mg-ADP release from kinesin.
著者: Nitta, R. / Okada, Y. / Hirokawa, N.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF1A, Kinesin heavy chain isoform 5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5552
ポリマ－41,1281
非ポリマー4271
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.767, 55.784, 155.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF1A, Kinesin heavy chain isoform 5C / Axonal transporter of synaptic vesi cles / Kinesin heavy chain neuron-specifiC 2


分子量: 41128.215 Da / 分子数: 1 / 断片: KIF1A (residues 1-355), KIF5C (residues 329-334) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES RESIDUES 1-355 OF Kinesin-like protein KIF1A, AND RESIDUES 329-334 OF Kinesin heavy chain isoform 5C, AND C-TERMINAL TAIL WITH SEQUENCE HHHHH
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33173, UniProt: P28738
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 16786 / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I5S

1i5s


解像度: 2.31→33.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 297463.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1558 10.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 15457 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.5287 Å2 / ksol: 0.334854 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.38 Å20 Å20 Å2
2--22.18 Å20 Å2
3----15.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 27 99 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.812.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 206 9.2 %
Rwork0.306 2022 -
obs--80.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2adp.paramadp.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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