PDB-6eip: DYRK1A in complex with XMD8-62e

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eip

タイトル

DYRK1A in complex with XMD8-62e

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Rothweiler, U.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel Scaffolds for Dual Specificity Tyrosine-Phosphorylation-Regulated Kinase (DYRK1A) Inhibitors.
著者: Czarna, A. / Wang, J. / Zelencova, D. / Liu, Y. / Deng, X. / Choi, H.G. / Zhang, T. / Zhou, W. / Chang, J.W. / Kildalsen, H. / Seternes, O.M. / Gray, N.S. / Engh, R.A. / Rothweiler, U.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eip.cif.gz	538.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eip.ent.gz	446.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eip_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eip_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6eip_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	6eip_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eifC 6eijC 6eilC 6eiqC 6eirC 6eisC 6eivC 6ej4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a4e-1 5a4q-1 3anr-3 6s14-d 6eis-1 6eiq-2 6eij-1 6eiq-1 3anq-3 6ej4-2 6yf8-1 5a54-1 6ej4-1 4yu2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.950, 88.370, 229.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-B7B / 4-[[(3~{R},7~{S})-2-cyclopentyl-9-methyl-8-oxidanylidene-2,9,12,14-tetrazatricyclo[8.4.0.0^{3,7}]tetradeca-1(14),10,12-trien-13-yl]amino]benzamide 分子量: 420.507 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈N₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M KSCN; 0.05M LiCl; 10% PEG 3350, pH 6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.984003 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.878
1	1	K, H, -L	2	0.122

反射

解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 57776 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 10.33

反射シェル

解像度: 2.56→2.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. measured obs: 43038 / Num. unique all: 9068 / CC_1/2: 0.745 / R_rim(I) all: 0.868

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.56→48.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 19.822 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2662	2793	4.8 %	RANDOM
R_work	0.24145	-	-	-
obs	0.24266	54937	97.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.53 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	27.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.56→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10981	0	124	138	11243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	11383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.983	15404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3.004	24945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.44	5	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.944	24.037	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.27	15	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.107	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	12747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.674	4.321	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.674	4.321	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.235	6.475	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.235	6.475	6744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.412	4.357	5976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.412	4.357	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.778	6.535	8662
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.633	49.484	12626
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.63	49.481	12625
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.549→2.615 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	212	-
R_work	0.321	3462	-
obs	-	-	85.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3064	-0.2639	0.103	0.2541	-0.149	0.2871	0.017	0.0156	0.0363	0.0072	-0.022	-0.0395	0.0103	-0.0055	0.005	0.0623	-0.0222	0.0069	0.143	0.0033	0.0408	-0.1633	16.7328	-7.9218
2	0.2604	-0.0986	0.071	0.17	-0.2885	0.6611	0.0454	0.0425	-0.0099	0.0057	0.0601	0.029	-0.0552	-0.0877	-0.1054	0.0362	0.0016	0.0165	0.1948	0.0386	0.0488	-2.6679	21.2236	-48.8217
3	0.2615	-0.1733	0.0696	0.2569	-0.0733	0.9232	0.0626	0.1444	-0.0209	0.0276	-0.1609	0.0786	-0.0628	-0.0266	0.0983	0.0559	0.0302	0.0204	0.2249	-0.0394	0.0471	-39.4429	9.9508	-37.951
4	0.0888	0.0636	0.2561	0.1494	0.0432	1.2174	0.0884	0.0244	-0.0113	0.0964	-0.0304	0.0151	0.2319	-0.0523	-0.058	0.1265	-0.0238	0.0046	0.166	-0.0244	0.0093	-16.0159	-17.3565	-19.3542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	134 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	133 - 480
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	135 - 479
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	134 - 479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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