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- PDB-6ei6: CC2D1B coordinates ESRCT-III activity during the mitotic reformat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ei6
タイトルCC2D1B coordinates ESRCT-III activity during the mitotic reformation of the nuclear envelope
要素Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ESCRT protein regulator / nuclear envelope reformation / polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intralumenal vesicle formation / cytoplasmic side of apical plasma membrane / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / sensory organ precursor cell division / wing disc morphogenesis / compound eye development / female germ-line stem cell asymmetric division / phosphatidylinositol phosphate binding / sensory organ development ...positive regulation of intralumenal vesicle formation / cytoplasmic side of apical plasma membrane / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / sensory organ precursor cell division / wing disc morphogenesis / compound eye development / female germ-line stem cell asymmetric division / phosphatidylinositol phosphate binding / sensory organ development / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / apicolateral plasma membrane / endosomal transport / mitotic cytokinesis / negative regulation of Notch signaling pathway / Notch signaling pathway / intracellular protein transport / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell cortex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / endosome membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DM14 / Freud, C2 domain / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1 / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1, DM14 domain / Repeats in fly CG4713, worm Y37H9A.3 and human FLJ20241. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.461 Å
データ登録者Ventimiglia, L.N. / Cuesta-Geijo, M.A. / Martinelli, N. / Caballe, A. / Macheboeuf, P. / Miguet, N. / Parnham, I.M. / Olmos, Y. / Carlton, J.G. / Weissehorn, W. / martin-Serrano, J.
引用ジャーナル: Dev. Cell / 年: 2018
タイトル: CC2D1B Coordinates ESCRT-III Activity during the Mitotic Reformation of the Nuclear Envelope.
著者: Ventimiglia, L.N. / Cuesta-Geijo, M.A. / Martinelli, N. / Caballe, A. / Macheboeuf, P. / Miguet, N. / Parnham, I.M. / Olmos, Y. / Carlton, J.G. / Weissenhorn, W. / Martin-Serrano, J.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
B: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,26210
ポリマ－62,4832
非ポリマー7798
水2,954164
1
A: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6365
ポリマ－31,2421
非ポリマー3944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6265
ポリマ－31,2421
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.410, 54.050, 97.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coiled-coil and C2 domain-containing protein 1-like / Lethal giant disks protein


分子量: 31241.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: l(2)gd1, lgd, CG4713 / プラスミド: pProEx-Htb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VKJ9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15-25% PEG 3500 Mme, 200 mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→59.594 Å / Num. obs: 33151 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 12 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.46→2.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.461→59.594 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1613 4.9 %
Rwork0.205 --
obs0.2072 32922 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.461→59.594 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 42 164 4169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2165472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2492496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006705
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.461-2.53340.35871390.28482579X-RAY DIFFRACTION99
2.5334-2.61520.31931120.26642597X-RAY DIFFRACTION99
2.6152-2.70870.31021120.25152627X-RAY DIFFRACTION99
2.7087-2.81710.31061560.2492555X-RAY DIFFRACTION100
2.8171-2.94530.28941180.25532617X-RAY DIFFRACTION100
2.9453-3.10060.31221310.24762605X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.29490.25671370.23132604X-RAY DIFFRACTION99
3.2949-3.54920.2871270.21252610X-RAY DIFFRACTION100
3.5492-3.90630.22691490.19192595X-RAY DIFFRACTION99
3.9063-4.47140.18051310.16832648X-RAY DIFFRACTION99
4.4714-5.63280.22961510.17222604X-RAY DIFFRACTION99
5.6328-59.61160.21381500.17442668X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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