PDB-6b2j: E45A mutant of HIV-1 capsid protein (other crystal form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b2j

タイトル

E45A mutant of HIV-1 capsid protein (other crystal form)

要素

HIV-1 capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid protein / hexamer / E45A mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multidisciplinary studies with mutated HIV-1 capsid proteins reveal structural mechanisms of lattice stabilization.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / McFadden, W.M. / Du, H. / Liu, D. / Xu, C. / Bryer, A.J. / Perilla, J.R. / Shi, J. / Aiken, C. / Fu, X. / Zhang, P. / Francis, A.C. / Melikyan, G.B. / Sarafianos, S.G.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b2j.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b2j.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b2j_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b2j_full_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示
XML形式データ	6b2j_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6b2j_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ay9C 6ayaC 6b2gC 6b2hC 6b2iC 6b2kC 4xfx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xfx-1 6b2h-1 6b2g-1 6axw-1 6mqa-1 6mqo-1 6b2k-1 6axx-1 5w4p-1 6axt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.493, 92.493, 57.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	HIV-1 capsid protein 分子量: 25572.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: E45A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, MIB, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→47 Å / Num. obs: 14252 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.21-2.28	10.7	1.32	1218	0.628	0.417	1.385	99.2
9.11-46.84	10.1	0.047	223	0.999	0.016	0.05	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.24	データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Aimless	0.5.24	データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.21→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 14.842 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.2497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.185
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2233	693	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2023	-	-	-
obs	0.2033	13556	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.83 Å² / B_iso mean: 63.319 Å² / B_iso min: 38.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	-0.29 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1721	0	14	98	1833
B_iso mean	-	-	82.78	62.81	-
残基数	-	-	-	-	221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.062	1.958	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.282	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.923	25	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.687	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.231	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	383
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	51.767	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	53.232	5	12

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.267 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	54	-
R_work	0.278	987	-
all	-	1041	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1125	-0.1488	0.8127	0.2764	-1.2334	6.3237	-0.0926	-0.0301	0.0737	0.0795	-0.149	0.0327	-0.3535	0.032	0.2417	0.6106	-0.0008	0.0046	0.6303	-0.1732	0.5487	1.6086	-10.5536	15.3375
2	3.836	-0.7917	1.9957	0.6315	-1.8437	5.6409	0.6097	-0.8771	0.0734	0.2534	-0.1284	0.0982	-0.5271	0.6933	-0.4813	0.9094	-0.0356	-0.0191	0.6662	-0.1102	0.4177	-3.7374	-12.5359	9.3643
3	2.0074	-2.1999	-1.8717	7.8157	3.2161	10.4842	0.0647	0.1202	0.1989	-0.2246	-0.0648	0.0229	-0.217	-0.2021	0.0002	0.0603	-0.0079	-0.0224	0.1156	0.0123	0.2025	-1.386	-13.2048	-8.1581
4	5.8971	-2.0872	-3.1094	6.2059	1.1842	3.5914	-0.125	0.3235	0.1738	-0.1742	-0.0866	-0.3383	-0.2812	0.1398	0.2116	0.107	-0.0394	-0.0243	0.0876	0.0448	0.2246	5.7633	-20.1238	-6.1902
5	2.5191	-1.7699	2.4368	4.5262	-0.6475	4.7282	-0.0347	-0.0059	0.0589	0.1146	0.0021	0.1583	-0.0141	0.1441	0.0326	0.0378	-0.0047	0.0616	0.0605	0.0372	0.1615	-5.0762	-26.3845	-4.8065
6	12.3007	1.7504	5.5944	6.168	-5.6153	10.5523	-0.0044	-0.5179	-0.6006	0.2337	-0.1486	-0.261	0.4748	0.1087	0.153	0.529	0.1596	0.1101	0.1245	0.1112	0.233	-1.6716	-39.8781	8.2746
7	13.1584	-2.4717	-3.4323	6.4194	2.7006	11.3078	-0.0425	-0.1789	-0.202	0.2777	-0.2238	-0.4278	0.0582	0.235	0.2663	0.3701	0.0291	0.0148	0.3382	0.081	0.228	-9.5753	-33.073	22.7719
8	7.412	-1.9709	-1.3218	6.7639	-0.1739	6.9994	-0.0442	-1.054	-0.0336	0.9364	0.0542	-0.0841	-0.3866	-0.1649	-0.0101	0.3682	0.0992	0.0461	0.2688	0.0695	0.1075	-4.8374	-26.7581	12.9319
9	3.2109	-0.1873	-4.5916	2.1604	-0.1874	11.3256	-0.0804	0.052	-0.136	-0.0039	0.0847	-0.0104	0.2949	0.318	-0.0044	0.0637	0.0141	-0.0037	0.0885	0.0137	0.185	4.5406	-30.3715	-5.5195
10	9.9961	2.55	-5.0287	8.6938	-1.8387	8.9576	-0.2543	0.6196	0.0471	-0.6276	0.4041	-0.1631	0.3313	-0.199	-0.1498	0.1919	0.0706	-0.0381	0.1591	0.0059	0.069	24.5829	-27.3862	-24.2968
11	9.4871	2.573	-8.5773	2.1152	0.0309	11.7547	-0.2674	0.2076	0.1717	-0.0669	0.1981	0.2356	0.3694	0.0544	0.0694	0.1819	0.0427	-0.1182	0.0642	0.0335	0.1589	20.4364	-26.0369	-16.826
12	9.792	-1.823	-3.1475	6.1474	-0.7919	1.3416	0.0882	0.2405	-0.0009	0.313	-0.0693	0.0271	-0.1084	-0.0811	-0.0188	0.188	0.0401	-0.0008	0.191	0.0192	0.1565	21.4405	-35.4346	-7.562
13	13.4455	-0.587	-4.808	4.0069	1.0794	5.938	0.002	0.114	-0.5641	-0.0048	0.3393	-0.1338	0.2103	0.42	-0.3413	0.2398	0.094	-0.0562	0.2596	-0.0232	0.2063	31.5411	-31.469	-20.4655
14	12.2807	-11.2692	-9.6402	16.2097	10.2485	7.9029	-0.5444	0.2295	-0.3957	0.3919	0.305	0.1144	0.404	-0.0619	0.2393	0.2697	0.0597	-0.0789	0.3805	-0.0025	0.2593	38.5323	-29.1093	-15.3551
15	2.1346	0.1517	-1.8031	5.8193	0.2512	15.1666	-0.057	0.2062	0.1842	-0.237	0.0966	-0.1456	-0.2393	0.2587	-0.0396	0.1124	0.0338	-0.0083	0.2306	-0.0002	0.206	34.7565	-20.3541	-17.6553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	30 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	48 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	74 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	87 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	99 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	130 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	148 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	163 - 175
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	176 - 184
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	185 - 201
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	202 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)