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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ehy | ||||||
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タイトル | scFv AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in drug discovery | ||||||
要素 | scFv antibody fragment | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / scFv / AbVance / Pistoia Alliance | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Hargreaves, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: scFv AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in drug discovery 著者: Hargreaves, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ehy.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ehy.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ehy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ehy_validation.pdf.gz | 295.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ehy_full_validation.pdf.gz | 299.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ehy_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6ehy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26854.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.5M NaCl 100mM HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→48.06 Å / Num. obs: 20323 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.59 % / Biso Wilson estimate: 49.16 Å2 / Net I/σ(I): 6.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.481 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→44.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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