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万見
- PDB-6ehy: scFv AbVance: increasing our knowledge of antibody structural spa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehy
タイトルscFv AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in drug discovery
要素scFv antibody fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / scFv / AbVance / Pistoia Alliance
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hargreaves, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: scFv AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in drug discovery
著者: Hargreaves, D.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv antibody fragment
B: scFv antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7092
ポリマ－53,7092
非ポリマー00
水3,801211
1
A: scFv antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8551
ポリマ－26,8551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: scFv antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8551
ポリマ－26,8551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.061, 71.040, 121.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 scFv antibody fragment


分子量: 26854.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.5M NaCl 100mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.06 Å / Num. obs: 20323 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.59 % / Biso Wilson estimate: 49.16 Å2 / Net I/σ(I): 6.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.481 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1031 5.11 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.231 20191 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4306 Å20 Å20 Å2
2---0.431 Å20 Å2
3----0.9996 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 0 0 211 3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.144858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1156SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes528HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3574HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion472SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4135SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 140 4.86 %
Rwork0.23 2738 -
all0.232 2878 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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