PDB-6eh9: HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eh9

タイトル

HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope PKYVKQNTLKLAT presented by Human Leukocyte Antigen HLA-DR0101

要素

Human T Cell Receptor Alpha Chain
Human T Cell Receptor Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human T Cell Receptor / Human Leukocute Antigen / Influenza Haemagglutinin epitope / 3D structure

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eh9.cif.gz	191 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eh9.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eh9_validation.pdf.gz	296.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eh9_full_validation.pdf.gz	308.5 KB	表示
XML形式データ	6eh9_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4C 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh8C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr7C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC 4gkzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fup-d 6fr6-d 6fun-d 6fuo-d 2cde-3 5d5m-4 6fur-1 4p5t-1 4ei6-1 3axl-2 6fr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Human T Cell Receptor Alpha Chain

B: Human T Cell Receptor Beta Chain

49.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.460, 49.960, 72.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Human T Cell Receptor Alpha Chain 分子量: 22362.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Human T Cell Receptor Beta Chain 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 4K, 15% Glycerol, 100mM MES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→48.87 Å / Num. obs: 17434 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 64.5 Å² / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1273 / R_pim(I) all: 0.353 / R_rim(I) all: 0.703 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GKZ

4gkz

解像度: 2.49→48.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 29.803 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.709 / ESU R Free: 0.349 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29651	881	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23225	-	-	-
obs	0.23539	16545	98.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	-0.58 Å²
2-	-	1.81 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.49→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3505	0	0	0	3505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.942	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3.003	7639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.545	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.79	24.235	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.986	15	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.064	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.652	0.306	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.652	0.306	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.071	0.457	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.071	0.457	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.41	0.309	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.41	0.309	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.644	0.458	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.899	2.416	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.899	2.416	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.479	65	-
R_work	0.336	1205	-
obs	-	-	99.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0142	0.8041	0.6662	3.6012	-0.1454	8.9441	-0.0138	0.0026	0.2227	0.1826	-0.1633	0.119	-0.1444	-0.0565	0.1771	0.3156	0.0038	0.0333	0.0099	-0.0156	0.5146	-0.8047	6.048	35.3285
2	10.4495	-3.0871	0.1938	6.1992	-1.145	7.9964	-0.2073	0.4867	-0.2934	-0.5442	0.297	-0.717	0.5515	0.7688	-0.0897	0.7359	-0.0416	0.0852	1.2553	-0.2095	0.4563	18.9331	3.8073	6.4402
3	8.6044	-4.0839	-2.416	6.1997	2.5928	5.0246	-0.244	-0.3449	0.5037	0.3682	0.3468	-0.8003	0.0156	1.381	-0.1028	0.4359	-0.0271	-0.1162	0.6457	0.0874	0.4245	19.654	10.0218	46.7961
4	4.5929	0.0753	3.7358	2.2825	0.1249	8.5951	-0.4435	0.7864	-0.0133	-0.2337	0.25	-0.3276	-0.9697	1.0937	0.1935	0.6063	-0.2881	0.0712	1.1901	-0.1351	0.4894	26.5611	14.0663	17.0768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	118 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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