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- PDB-6egs: Crystal structure of the GalNAc-T2 F104S mutant in complex with U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6egs
タイトルCrystal structure of the GalNAc-T2 F104S mutant in complex with UDP-GalNAc
要素Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / F104S mutant / GalNAc-T2 / HDL / Glycosyltransferase / flexible loop / Inactive/Active states
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked GalNAcylation / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / protein O-linked glycosylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane ...protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked GalNAcylation / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / protein O-linked glycosylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane / positive regulation of immunoglobulin production / protein maturation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者de las Rivas, M. / Coelho, H. / Diniz, A. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Barbero, J. / Schjoldager, K.T. / Bennett, E.P. / Vakhrushev, S.Y. / Clausen, H. / Corzana, F. ...de las Rivas, M. / Coelho, H. / Diniz, A. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Barbero, J. / Schjoldager, K.T. / Bennett, E.P. / Vakhrushev, S.Y. / Clausen, H. / Corzana, F. / Marcelo, F. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of a GalNAc-T2 Mutant Reveals an Induced-Fit Catalytic Mechanism for GalNAc-Ts.
著者: de Las Rivas, M. / Coelho, H. / Diniz, A. / Lira-Navarrete, E. / Companon, I. / Jimenez-Barbero, J. / Schjoldager, K.T. / Bennett, E.P. / Vakhrushev, S.Y. / Clausen, H. / Corzana, F. / ...著者: de Las Rivas, M. / Coelho, H. / Diniz, A. / Lira-Navarrete, E. / Companon, I. / Jimenez-Barbero, J. / Schjoldager, K.T. / Bennett, E.P. / Vakhrushev, S.Y. / Clausen, H. / Corzana, F. / Marcelo, F. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0656
ポリマ－114,7402
非ポリマー1,3254
水1,08160
1
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0323
ポリマ－57,3701
非ポリマー6622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0323
ポリマ－57,3701
非ポリマー6622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.036, 154.036, 109.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 74 - 569 / Label seq-ID: 6 - 501

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / ...Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2


分子量: 57370.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG6000, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→154.04 Å / Num. obs: 70380 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.371 / Rpim(I) all: 0.72 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D0T

4d0t


解像度: 2.7→154.04 Å / SU B: 31.369 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.698 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22104 990 2.7 %RANDOM
Rwork0.20627 ---
obs0.20669 35697 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→154.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7522 0 80 60 7662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.95710570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968316787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5123.429382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.698151317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8741571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.51653778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.51553777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7287.4884712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.7287.4884713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8675.5034018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8665.5034017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1998.0785859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.1240.4518904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.1240.4548905
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29280 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 71 -
Rwork0.425 2597 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58670.08370.46990.3806-0.3671.0020.0596-0.0662-0.1489-0.0415-0.0554-0.122-0.0755-0.047-0.00420.31670.02540.010.21240.00890.0681-10.4477-46.439210.9675
20.1626-0.0988-0.21920.16920.27692.27590.157-0.0162-0.0808-0.0702-0.07340.0299-0.0616-0.1268-0.08360.29230.0803-0.12350.2718-0.02430.0711-31.2938-57.1667-20.9285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2B74 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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