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万見
- PDB-2i99: Crystal structure of human Mu_crystallin at 2.6 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i99
タイトルCrystal structure of human Mu_crystallin at 2.6 Angstrom
要素Mu-crystallin homolog
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mu_crystallin / Thyroid Hormine Binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / lysine catabolic process / thyroid hormone metabolic process / Lysine catabolism / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / peroxisomal matrix / sensory perception of sound / transcription corepressor activity ...thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / lysine catabolic process / thyroid hormone metabolic process / Lysine catabolism / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / peroxisomal matrix / sensory perception of sound / transcription corepressor activity / NADP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Ketimine reductase mu-crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cheng, Z. / Sun, L. / He, J. / Gong, W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human {micro}-crystallin complexed with NADPH
著者: Cheng, Z. / Sun, L. / He, J. / Gong, W.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月23日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52018年8月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.62023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-crystallin homolog
B: Mu-crystallin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5894
ポリマ－67,0982
非ポリマー1,4912
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.980, 90.860, 101.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9999, -0.0112, 0.0031), (0.0108, -0.7932, 0.6089), (-0.0044, 0.6089, 0.7932)174.4428, -1.514, 0.7045

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要素

#1: タンパク質 Mu-crystallin homolog / NADP-regulated thyroid-hormone-binding protein / p38 Cytosolic Thyroid Binding Protein


分子量: 33549.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYM, THBP / 器官: brain / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14894
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M NH4Ac, 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6 % / Av σ(I) over netI: 9.5 / 数: 124646 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.54 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20667 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.6509810.0481.2755.6
4.455.610010.0651.5016
3.884.4510010.0811.4936
3.533.8810010.1091.6746
3.283.5310010.1451.6046.1
3.083.2810010.2071.6266.1
2.933.0810010.3061.6326.1
2.82.9310010.3921.5646.1
2.692.810010.4681.5166.1
2.62.6910010.5551.5176.1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.541 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.696.10.55520011.5171100
2.69-2.86.10.46820451.5161100
2.8-2.936.10.39220401.5641100
2.93-3.086.10.30620381.6321100
3.08-3.286.10.20720491.6261100
3.28-3.536.10.14520481.6041100
3.53-3.8860.10920661.6741100
3.88-4.4560.08120921.4931100
4.45-5.660.06521051.5011100
5.6-505.60.04821831.275198

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.584 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.221
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.2 Å
Translation3 Å44.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OMO

1omo


解像度: 2.6→50 Å / FOM work R set: 0.815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1930 9.3 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs-19549 94.3 %-
溶媒の処理Bsol: 30.568 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.567 Å20 Å20 Å2
2---7.033 Å20 Å2
3---5.466 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4714 0 96 150 4960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.6-2.760.3472970.29226302927
2.76-2.980.3113160.26228303146
2.98-3.280.3292980.25129213219
3.28-3.750.2783240.21830223346
3.75-4.720.2483230.18230733396
4.72-500.2093720.19231433515
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ndp.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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