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万見
- PDB-1omo: alanine dehydrogenase dimer w/bound NAD (archaeal) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omo
タイトルalanine dehydrogenase dimer w/bound NAD (archaeal)
要素alanine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / two-domain / beta-sandwich-dimer / Rossmann-fold NAD domain / human mu crystallin homolog / human thyroid-hormone-binder homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine metabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / NAD binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase, Archaeoglobus-type / Alanine dehydrogenase, archaeal-type / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Alanine dehydrogenase, Archaeoglobus-type / Alanine dehydrogenase, archaeal-type / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alanine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Smith, N.N. / Holden, M.J. / Schroeder, I. / Monbouquette, H.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of alanine dehydrogenase from Archaeoglobus: active site analysis and relation to bacterial cyclodeaminases and mammalian mu crystallin.
著者: Gallagher, D.T. / Monbouquette, H.G. / Schroeder, I. / Robinson, H. / Holden, M.J. / Smith, N.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and phasing of alanine dehydrogenase from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Smith, N. / Mayhew, M. / Robinson, H. / Heroux, A. / Charlton, D. / Holden, M.J. / Gallagher, D.T.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY NP_070493 AND TIGR SEQUENCE AF1665. HOWEVER, ACCORDING ...SEQUENCE THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY NP_070493 AND TIGR SEQUENCE AF1665. HOWEVER, ACCORDING TO THE AUTHOR, THE PROTEIN NAME ASSIGNED FOR THE GENBANK ENTRY IS INCORRECT. THE PROTEIN WAS ASSIGNED THE NAME ORNITHINE CYCLODEAMINASE BASED ON SEQUENCE HOMOLOGY, BUT THE AUTHORS STATE THE PROTEIN HAS BEEN SHOWN TO BE AN ALANINE DEHYDROGENASE. THE GENBANK REFERENCE IS NOT USED FOR THE DBREF SINCE THE PROTEIN NAME IS INCORRECTLY ASSIGNED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alanine dehydrogenase
B: alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1136
ポリマ－69,7402
非ポリマー1,3734
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.7, 55.5, 131.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 111.1, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-714-

HOH

詳細the asymmetric unit contains the biological dimer

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要素

#1: タンパク質 alanine dehydrogenase


分子量: 34869.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MZ1 / 参照: UniProt: O28608, alanine dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: Protein 15 mg/mL, MPD (~20%), 100 mM NaCl, 10 mM Tris, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.088,1.1048,1.1051
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月11日
放射モノクロメーター: silicon cut crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0881
21.10481
31.10511
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 32620 / Num. obs: 32447 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.32→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 1189 quasirandom throughout 4%
Rwork0.203 --
all0.213 29537 -
obs0.213 29537 -
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4852 0 90 338 5280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.65
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 185 -
Rwork0.248 --
obs-4563 92.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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