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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eg0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Dpr4 Ig1-Ig2 in complex with DIP-Eta Ig1-Ig3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / Immunoglobulin Super-Family / Synaptic specification / nervous system development / cell-surface protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane / sensory perception of chemical stimulus / synapse organization ...Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane / sensory perception of chemical stimulus / synapse organization / neuron projection / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Cosmanescu, F. / Shapiro, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2018 タイトル: Neuron-Subtype-Specific Expression, Interaction Affinities, and Specificity Determinants of DIP/Dpr Cell Recognition Proteins. 著者: Cosmanescu, F. / Katsamba, P.S. / Sergeeva, A.P. / Ahlsen, G. / Patel, S.D. / Brewer, J.J. / Tan, L. / Xu, S. / Xiao, Q. / Nagarkar-Jaiswal, S. / Nern, A. / Bellen, H.J. / Zipursky, S.L. / Honig, B. / Shapiro, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eg0.cif.gz | 128.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eg0.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6eg0_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6eg0_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6eg0_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6eg0_validation.cif.gz | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6eg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6eg0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24741.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-246 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: dpr4, CG12593, CG14707, CT34497, Dmel\CG33512, Dpr-4, Dpr4, dpr4-RA, CG33512, Dmel_CG33512 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q59DX6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34982.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-338 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: DIP-eta, 14010, CT33567, Dmel\CG14010, CG14010, Dmel_CG14010 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9VMN9 |
-糖 , 5種, 5分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 52分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-EDO / | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 28% Edo_p8k (Molecular Dimensions), 0.1 M Morpheus Buffer 2, pH 7.5 (Molecular Dimensions), 10% carboxylic acid (Molecular Dimensions) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→106.2 Å / Num. obs: 24914 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 62.780981968 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.686 / Num. unique obs: 3936 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 5EO9, 4CMM, & 5K6U 解像度: 2.9→19.987 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.987 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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