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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6efi | ||||||
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タイトル | SK678 binding region (Siglec + Unique) | ||||||
要素 | KxYKxGKxW signal domain protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus sanguinis SK678 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.715 Å | ||||||
データ登録者 | Iverson, T.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Origins of glycan selectivity in streptococcal Siglec-like adhesins suggest mechanisms of receptor adaptation. 著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, ...著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, X. / Lebrilla, C.B. / Baudry, J. / Smith, J.C. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6efi.cif.gz | 110 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6efi.ent.gz | 82.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6efi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ef7C 6ef9C 6efaC 6efbC 6efcC 6efdC 6effC 6x3kC 6x3qC 7kmjC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/510 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23185.537 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 251-460 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis SK678 (バクテリア) 遺伝子: srpA, HMPREF9392_0959 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0FS71 |
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-非ポリマー , 5種, 537分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CO / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M bicine pH 7.6, 25% PEG 6000, 0.005 M hexamine Cobalt chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 45715 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.12_2829) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.715→38.718 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.715→38.718 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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