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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6efh | ||||||
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タイトル | Pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis soaked with pyruvamide | ||||||
要素 | Pyruvate decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / pyruvate decarboxylase / thiamine diphosphate / substrate activation / pyruvamide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Kutter, S. / Konig, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structures of pyruvate decarboxylase from Kluyveromyces lactis in the absence of ligands and in the presence of the substrate surrogate pyruvamide 著者: Kutter, S. / Konig, S. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2009 タイトル: Covalently bound substrate at the regulatory site of yeast pyruvate decarboxylases triggers allosteric enzyme activation. 著者: Kutter, S. / Weiss, M.S. / Wille, G. / Golbik, R. / Spinka, M. / Konig, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6efh.cif.gz | 225.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6efh.ent.gz | 181.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6efh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 61716.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 参照: UniProt: Q12629, pyruvate decarboxylase |
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-非ポリマー , 5種, 48分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-1PE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 % |
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結晶化 | 温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 2 mg/mL KlPDC in 2 mM MES, 18 mM citrate, pH 6.25, 4 mM thiamine diphosphate, 4 mM magnesium sulfate, 2 mM DTT, 1:1 with mother liquor (18-24% w/v PEG2000/PEG6000), ~25 days at 8 degrees C, ...詳細: 2 mg/mL KlPDC in 2 mM MES, 18 mM citrate, pH 6.25, 4 mM thiamine diphosphate, 4 mM magnesium sulfate, 2 mM DTT, 1:1 with mother liquor (18-24% w/v PEG2000/PEG6000), ~25 days at 8 degrees C, soaked for 50 seconds in 2 uL mother liquor + 2 uL 90% v/v PEG400, 200 mM pyruvamide prior to flash freezing |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→55.6 Å / Num. obs: 32279 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.333 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.05 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 1.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1591 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2VK4 解像度: 2.99→55.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 20.033 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→55.6 Å
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拘束条件 |
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