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- PDB-6eay: Structural Basis for Broad Neutralization of Ebolaviruses by an A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eay
タイトルStructural Basis for Broad Neutralization of Ebolaviruses by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop
要素
  • (Envelope glycoprotein) x 2
  • CA45 heavy chain
  • CA45 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / ebolavirus / glycoprotein / cross-protective antibody / broadly neutralizing antibody / CA45 / fusion loop / cross-reactive / filovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Janus, B.M. / Ofek, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for broad neutralization of ebolaviruses by an antibody targeting the glycoprotein fusion loop.
著者: Janus, B.M. / van Dyk, N. / Zhao, X. / A Howell, K. / Soto, C. / Aman, M.J. / Li, Y. / Fuerst, T.R. / Ofek, G.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CA45 light chain
H: CA45 heavy chain
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2577
ポリマ－102,4174
非ポリマー1,8403
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area37000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.429, 153.429, 335.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 18636.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 35319.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 CA45 light chain


分子量: 23291.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
Cell: B cell / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CA45 heavy chain


分子量: 25169.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
Cell: B cell / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1M Potassium Sodium Tartrate, 0.1M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.72→76.71 Å / Num. obs: 14037 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.72→4.07 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1402 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.176 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3228: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JQ3, 3Q6G

5jq3

3q6g


解像度: 3.72→45.128 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 695 4.96 %Random
Rwork0.2586 ---
obs0.2604 14025 85.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.72→45.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5254 0 122 0 5376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.577583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9011858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7201-4.00720.34671380.33012656X-RAY DIFFRACTION87
4.0072-4.41020.23741470.26392690X-RAY DIFFRACTION88
4.4102-5.04760.26571480.24222645X-RAY DIFFRACTION86
5.0476-6.35660.37691100.27472687X-RAY DIFFRACTION85
6.3566-45.13150.29221520.23022652X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8275.87463.48065.84870.07658.0013-1.37551.6747-0.0065-1.57740.85991.7875-0.97580.95820.32961.4445-0.2878-0.05950.84690.00131.799729.6068-62.7008-54.9724
27.85615.13014.607610.19973.24636.1205-0.14030.3948-0.2381-0.41690.305-0.7246-0.13970.8638-0.20950.626-0.0228-0.10140.6334-0.07791.386533.9795-63.9597-46.0674
36.86694.9577-3.65936.2865-4.99518.822-0.76450.33550.9203-2.0510.16030.42160.92781.13170.52881.0673-0.2289-0.29380.86470.16961.747429.0615-60.6322-47.4949
45.97672.0104-0.06163.24591.35294.42560.7647-1.06480.77950.267-0.6231.0584-0.4316-0.052-0.16291.0407-0.21480.20190.8946-0.20982.56662.4508-70.2363-35.7268
57.3294-2.9152-0.72642.3527-1.22142.47680.8685-0.50870.338-0.7249-0.97644.30831.0717-1.45130.50150.4091-0.31710.84591.1735-0.65583.064-6.904-70.2824-32.7785
67.6656-6.5682-0.77045.91771.20885.2582-1.1829-0.66911.80490.82380.5361.403-0.5455-0.2850.5790.626-0.0296-0.26670.66370.00341.460630.6248-45.4169-30.6914
74.84444.2744-0.3783.7183-0.79992.8385-1.05240.0294-1.1286-0.15250.80580.6973-0.1375-0.08590.38290.7961-0.1778-0.34980.75490.27142.152529.2086-46.7591-41.8874
82.10561.3668-0.10481.694-0.73422.4863-0.41180.32680.5755-0.2562-0.34311.3382-0.67950.59680.47970.7533-0.301-0.33280.5087-0.05613.032532.1449-47.1664-38.2661
95.8554-4.03061.09122.6144-0.83581.81540.4907-0.73581.03541.6045-0.85750.10330.13250.00010.39321.2045-0.35950.07121.22-0.26932.09369.5037-59.3324-25.8737
108.0842-4.5945-1.10163.8733-2.89568.56310.9424-0.7239-0.2682-0.4869-0.9480.8308-0.00230.524-0.04151.094-0.2080.05071.08-0.10081.75287.9309-61.6136-22.6324
119.6810.15620.45995.76113.63579.0449-0.58950.6658-0.1243-1.4372-0.4246-0.246-0.5809-0.19590.86680.4204-0.1385-0.01710.7885-0.16011.523354.1872-58.5193-35.8214
125.9001-5.8998-0.86541.999-2.09031.82783.48332.0173-3.1659-2.0448-0.1825.18743.49441.8001-3.11111.20080.4166-0.19951.07730.15111.607951.7226-28.39-32.1063
132.845-0.3981-1.28343.99272.20254.07630.10290.0962-0.32070.5431-0.25960.33950.5252-0.39590.2110.4685-0.06890.01910.41920.12241.131959.1797-53.2033-32.4941
145.21931.5676-4.63485.0359-5.24377.8540.2507-0.81590.2287-0.65971.33121.13681.5052-0.1729-1.03980.4326-0.1869-0.03530.63230.23740.960175.1582-50.9146-38.4799
158.2198-2.0556-4.93035.3725.71867.15040.11822.2006-2.22331.5964-0.48081.79071.911-2.68840.6421.6742-0.13710.16371.6206-0.51952.235576.0115-50.3201-63.1621
161.9814-4.53567.9618.25860.11736.67371.06627.4046-0.4221-2.98760.02640.43980.63490.9358-0.56841.1513-0.0015-0.35891.5021-0.09640.959165.2416-60.0269-46.7422
172.05432.1347-2.22933.5432-2.47056.4425-0.20270.11440.14920.29480.57310.4397-0.0198-1.1143-0.29540.4864-0.0818-0.00030.51480.05491.351161.6212-60.3306-30.906
183.8568-1.44082.9673.1645-1.71027.973-0.3874-0.41960.12240.2770.1799-0.0781-0.8842-0.29020.19640.5062-0.017-0.06680.5241-0.08821.252164.7909-57.43-16.2361
193.99041.2803-5.64942.6422-0.25988.3391-0.3908-0.3791-0.46110.234-0.03430.21940.44080.12830.37040.3640.00080.04180.35240.0530.900963.2355-58.0129-19.7391
204.3869-3.26853.60592.2881-2.45833.2111-1.0381-2.72460.07381.43691.46110.4697-1.9519-0.6982-0.98290.6073-0.24610.29590.68850.09341.49250.6052-55.6845-16.2867
215.4405-0.18182.25049.9162-0.66271.6951-0.35590.7466-0.1931.3603-1.0526-2.45581.30060.32280.97460.6329-0.22690.23350.89970.17461.058752.9586-68.7567-5.5561
225.93165.31615.29799.99677.54716.25340.84581.9119-0.236-2.13411.42730.1557-1.67640.3111-1.34571.0553-0.2166-0.1162-0.01550.62232.068840.8507-64.1281-9.8468
235.7077-5.46220.05367.8441-4.7498.96540.4269-0.45240.9777-0.83260.43412.1080.747-0.8897-0.93560.68750.03280.29270.79540.40922.051841.8123-68.84660.9783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 34 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 76 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 103 through 172 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 173 through 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 2 through 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 34 through 52 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 73 through 113 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 114 through 169 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 170 through 208 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 502 through 524 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 525 through 529 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 530 through 575 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 576 through 596 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 597 through 614 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 32 through 50 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 51 through 89 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 90 through 126 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 127 through 185 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 186 through 223 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 224 through 249 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 250 through 260 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 261 through 280 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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